| |
|
|
 Badania aDNA w Europie i na świecie
| |
|
|
|
|
QUOTE(mlukas @ 10/05/2020, 19:21) *Pied-Noir generalnie w zachodniej Algierii byli w sporej mierze potomkami imigrantów hiszpańskich, we wschodniej [Algierii] włoskich (ale akurat z północy, nie z południa). Co ciekawe nieproporcjonalnie dużo zaś wśród osadników francuskich było wychodźców z Alzacji i Lotaryngii (po wojnie 1870). Czyli powstał ciekawy miks.
^^^
To dlaczego za Pied-Noirs w Marsylii nie uznasz tych z włoskimi wynikami?
Ten post był edytowany przez Domen: 11/05/2020, 1:20
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
QUOTE(philippebo @ 10/05/2020, 14:38)
^^^
My comment:
I think one mistake they made in that study was that they checked how samples cluster comparing only regional French samples to each other, without adding non-French (Belgian, German, Spanish, Italian etc.) neighbour populations for comparison.
On the other hand, my map is based on clustering of entire Europe.
And it turns out that for example Ile de France is still closer to Auvergne than the former is to Germany or to Belgium.
This is why I obtained a Central French cluster, all regions of which are closer to each other than to Non-French people.
Obviously, what clusters you will obtain in hierarchical clustering depends also on what populations are used in the comparison, not on the samples alone. So if you make clustering with only French regional samples (without including Iberians, Germans, Belgians, etc.), clusters will be different than when you use both French and Non-French samples.
When you use just French samples, Ile-de-France might be closer to Hauts-de-France than to Auvergne & Centre. But when you add Germans, Belgians etc. for comparison - then Hauts-de-France may "jump" to Belgian cluster, while Ile-de-France may "jump" to the same cluster with Auvergne & Centre.
=====
^^^
Mój komentarz:
Myślę że błędem w tej publikacji było to, że sprawdzili klastry porównując tylko do siebie poszczególne francuskie regiony, bez uwzględniania sąsiednich populacji nie-francuskich (Belgów, Niemców, Hiszpanów, Włochów) dla porównania.
Natomiast swoją mapę zrobiłem na podstawie klasteringu całej Europy.
Jak się okazuje np. Ile de France ma nadal bliżej do Auvergne, niż ten pierwszy region ma do Niemiec czy też do Belgii.
Dlatego wyszedł mi ten klaster Centralna Francja, którego regiony są bliższe do siebie nawzajem niż do Nie-Francuzów.
Oczywiście, to jakie klastry wyjdą w hierarchicznym klasteringu zależy też od tego jakie populacje są uwzględnione w porównaniu, nie tylko od samych próbek. Tak więc jeśli zrobisz klastering tylko z Francuzami (bez uwzględniania Hiszpanów, Niemców, Belgów, etc.) to klastry będą inne niż kiedy uwzględnisz zarówno Francuzów jak i Nie-Francuzów.
Ten post był edytowany przez Domen: 11/05/2020, 7:39
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
Ta pn. Holandia to po prostu Fryzowie, najbliżsi krewni oryginalnych Anglosasów. Im musiały jakieś sasko-skandynawskie wyniki wyjść.
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
Mlukas,
Ty masz widzę Lotaryngię oraz Szampanię-Ardeny połączone. Ja mam to osobno.
Razem mam za to region Bourgogne-Franche-Comté.
QUOTE(kmat @ 10/05/2020, 18:59) Ciekawe. Prowansja to Ligurowie podbici przez Galów. To zupełnie nie wygląda jakbyśmy się mogli spodziewać. Dałoby się dorzucić Sardynię?
Sami starożytni Ligurowie zapewne byli mocno "iberyjscy".
A dzisiejsi mieszkańcy Pn.-Zach. Włoch 100% Ligurami nie są.
Sardynia to już inny świat - izolat, "Stara Europa".
Sardyńczycy klastrują tylko sami ze sobą.
Na południu Korsyki jest jakby trochę większe podobieństwo do Sardynii ale nadal widać, że Korsyka miała odmienną historię osadnictwa.
====
Isola di San Pietro (główne miasto tam to Carloforte) to genetycznie jak Liguria oraz okolice, ale reszta Sardynii nie.
Ten post był edytowany przez Domen: 11/05/2020, 7:03
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
Załączam obrazek, widoczny jest tu klaster Centralna Francja, wszystkie te regiony grupują się razem:
Ale co ciekawe to po dodaniu jako osobny region departamentu Vendee, Szampania się przemieszcza:
Ten post był edytowany przez Domen: 11/05/2020, 5:41
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
Ja nie patrzę na dystanse tylko wrzucam indiwdualne próbki na PCA I dla dodatkowego sprawdzenia na CA. I tu odsiewam outlierów. Rozpisałeś się I nic z tego dla dla mnie nie wynika ciekawego bo tak tego nie sprawdzam.
Co to za metoda patrzenie po średnich dystansach? Davidski odrzuca po PCA w swoim G25, w pracach naukowych też oznaczają PCA-outliers.
Z tej pracy gdzie było 21 próbek Bouche du Rhone.
Tu PCA
https://i.imgur.com/YXdu1FU.jpg
Tu zaś CA
https://i.imgur.com/GO7QjZ1.jpg
Jak widać np próbka 15 na PCA jest iberyjska, ale na CA zbliża się do Prowansji.
Próbka 13 przeskoczyła zaś wyraźnie do północnych Włoch. Czyli nie są to "Iberowie". Bo wtedy na obu by byli w tych klastrach.
Z kolei 20 na CA jest zbyt włoska, ale na PCA jest w 2/3 dystansu między Prowansją a Ligurią (btw mam tu średnią w większości z nieakademickich). Dlatego dwa wykresy mają sens.
A teraz co wyrzuciłem, próbki 1,2, 18 oczywiste. I cztery z pogranicza Francji centralnej i Franche-Comte, Burgundii. Jak porówna się jeden i drugi wykres uważnie, to są za blisko tych trzech regionów. 10 na PCA jest wątpliwa ale na CA jest bardzo blisko Burgundii. 14 na CA wydaje się poudniowa, ale na PCA wchodzi w klaster północno-wschodni. No może 17 powinna być w Prowansji, tu można się spierać.
W pracy z Korsyki na 5 próbek prowansalskich, odrzuciłem jedną, tego Alzatczyka.
Próbki z obu prac tworzą mi średnią Prowansji.
Widzę że jednak nie odrzucałem "Iberów" a bardziej "Lotaryńczyków", a i tak średnia jest bliżej Włoch. Więc dlaczego tobie wyszło zbliżenie do Hiszpanii to nie mam pojęcia.
Ten post był edytowany przez mlukas: 11/05/2020, 9:01
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
QUOTE(Domen @ 11/05/2020, 2:53) Sardyńczycy klastrują tylko sami ze sobą.
A czy nie ma związków Sardynii z Bośnią i Finlandią?
Czytałem, że w tych trzech miejscach przetrwało trochę starej Europy.
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
Ja mam Bolzano 100% z próbek akademickich i u mnie jest bliżej reszty Pn. Włoch niż Austrii.
Więc nie wiem jak to robisz, że wszystko masz bardziej germańskie. Magia Odyna i Tora chyba.
=====
Pokazałeś jakieś PCA z chromosomami (chr) a nie z próbkami o oznaczeniach jak w tych pracach.
CODE A teraz co wyrzuciłem, próbki 1,2, 18 oczywiste. I cztery z pogranicza Francji centralnej i Franche-Comte, Burgundii.
Te cztery to raczej arbitralnie odrzuciłeś, bo to mogli być lokalsi. To nie są "obvious outliers".
CODE W pracy z Korsyki na 5 próbek prowansalskich, odrzuciłem jedną, tego Alzatczyka.
Te 5 jest z Nicei (sprawdzałem koordynaty w Supplementary Info). A tamte są z Marsylii.
Ja tu tak samo zrobiłem i z tego mam jedną średnią. Drugą średnią mam z drugiej pracy.
I obie moje średnie są sobie bliskie, mimo że z drugiej pracy odrzuciłem mniej próbek.
To teraz sprawdź jak blisko średniej z pracy z Korsyki, masz średnią z drugiej pracy.
Podejrzewam, że okaże się, że średnią z Marsylii masz bardziej włoską niż ta z Nicei.
Ten post był edytowany przez Domen: 11/05/2020, 9:26
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
QUOTE(Domen @ 11/05/2020, 9:15) Ja mam Bolzano 100% z próbek akademickich i u mnie jest bliżej reszty Pn. Włoch niż Austrii.
Więc nie wiem jak to robisz, że wszystko masz bardziej germańskie.
Nie istnieją próbki akademickie tylko z Bolzano:) To co masz to Trentino i to u mnie jest na PCA w klastrze włoskim, przypatrz się uważnie.
Bolzano mam nieakademickie od usera z Włoch, podobnie jak Ligurię. Nigdy tego nie znajdziesz bo to nie ma Gedcomów, on się kontaktował bezposrednio mailowo.
=====
QUOTE Pokazałeś jakieś PCA z chromosomami (chr) a nie z próbkami o oznaczeniach jak w tych pracach.
Nie, jest 21 próbek z Prowansji:), a że tak oznaczyłem to zachowałem chr żeby nie tracić czasu na przepisywanie.
Ja sprawdzam to automatem co jedną próbkę określa w pół minuty w K36, no akurat nie używa oznaczeń z oryginału, tylko nazywa po kolei, musisz się trochę pogłówkować Kolejność jest według porządku bodajże na liście w fam, ale może nie...
BdR S_2 0 0 1 4
BdR S_3 0 0 1 4
BdR S_4 0 0 1 4
BdR S_5 0 0 1 4
BdR S_6 0 0 1 4
BdR S_10 0 0 1 4
BdR S_17 0 0 1 4
BdR S_20 0 0 1 4
BdR S_22 0 0 1 4
BdR S_31 0 0 1 4
BdR S_32_R 0 0 1 4
BdR S_33 0 0 1 4
BdR S_34 0 0 1 4
BdR S_39 0 0 1 4
BdR S_44 0 0 1 4
BdR S_45 0 0 1 4
BdR S_14_2 0 0 1 4
BdR S_23_2 0 0 1 4
BdR S_29_2 0 0 1 4
BdR S_41_2 0 0 1 4
BdR S_42_2 0 0 1 4
Ten post był edytowany przez mlukas: 11/05/2020, 9:40
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
Porównajmy może proporcje domieszek "Iberian" oraz "Italian" u tych próbek:
(na czerwono te, które mają więcej "Italian", na czarno więcej "Iberian)
Iberian Italian
25.56 22.28
24.86 16.66
24.11 14.01
23.05 13.95
22.63 12.15
22.58 10.51
21.93 19.37
21.39 14.5
20.86 17.66
20.2 18.28
19.38 6.39
17.09 12.42
17.08 21.53
17.04 24.24
17.02 15.09
16.73 24.16
15.51 16.65
15.24 16.71
14.41 14.15
11 21.07
6.17 9.69
==========
ŚREDNIO(n=21):
18.75 16.26
Ten post był edytowany przez Domen: 11/05/2020, 9:37
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
QUOTE(Domen @ 11/05/2020, 9:33) Porównajmy może proporcje domieszek "Iberian" oraz "Italian" u tych próbek: (na czerwono te, które mają więcej "Italian", na czarno więcej "Iberian) Iberian Italian 25.56 22.2824.86 16.6624.11 14.0123.05 13.9522.63 12.1522.58 10.5121.93 19.3721.39 14.520.86 17.66
20.2 18.28
19.38 6.3917.09 12.4217.08 21.5317.04 24.2417.02 15.0916.73 24.1615.51 16.65
15.24 16.7114.41 14.1511 21.076.17 9.69==============
ŚREDNIO(n=21):
18.75 16.26
Zrób sobie PCA oraz CA i tyle. Nie ma co mnożyć bytów bez potrzeby.
A po to dwa wykresy by dodatkowo zwiększyć "czułość" wykrywania jak podałem w przykładach wyżej.
Ten post był edytowany przez Net_Skater: 11/05/2020, 10:35
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
Nie wiem jakie masz średnie regionalne włoskie, ale u mnie tylko jeden region (a właściwie podregion) ma więcej "Iberian" niż "Italian".
Konkretnie, Liguria Imperia czyli samiuśki zachód Ligurii tuż przy granicy Francji (Ligurię podzieliłem sobie na podregiony/prowincje).
Wszystkie inne moje środlądowe włoskie średnie, mają więcej "Italian" niż "Iberian".
CODE Nie ma co mnożyć bytów bez potrzeby.
A nie pokażesz swojego klasteringu?
Ten post był edytowany przez Domen: 11/05/2020, 9:41
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
QUOTE(Domen @ 11/05/2020, 9:38) Nie wiem jakie masz średnie regionalne włoskie, ale u mnie tylko jeden region (a właściwie podregion) ma więcej "Iberian" niż "Italian". Konkretnie, Liguria Imperia czyli samiuśki zachód Ligurii tuż przy granicy Francji (Ligurię podzieliłem sobie na podregiony/prowincje). Wszystkie inne moje środlądowe włoskie średnie, mają więcej "Italian" niż "Iberian". CODE Nie ma co mnożyć bytów bez potrzeby. A nie pokażesz swojego klasteringu?
Przeciez pokazałem Prowansję.
Ten post był edytowany przez mlukas: 11/05/2020, 9:40
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
CODE Nie istnieją próbki akademickie tylko z Bolzano
Istnieją. Za to z Holandii nie istnieją, przynajmniej nie takie dostępne bez podpisywania papierów. Więc coś kręcisz z tą Holandią chyba?
Ten post był edytowany przez Domen: 11/05/2020, 9:43
|
| |
|
|
| |
|
|
|
|
QUOTE(Domen @ 11/05/2020, 9:42) CODE Nie istnieją próbki akademickie tylko z Bolzano Istnieją.
Nie, nazywają się ITN-TRE_G Trentino-Alto-Adige
i nie wiadomo co jest co, a czyste Trentino jest po prostu północnowłoskie w porównaniu z czystm Bolzano (Alto-Adige).
Wiem bo mam to podzielone.
Moej Bolzano to po prostu Niemcy tyrolscy co tam mieszkają, to chyba oczywiste że nie są jak reszta Włochów a jak Tyrol. O co tu się spierać Zapomniałeś że tam mieszkają do dziś, czy co?
QUOTE Za to z Holandii nie istnieją, przynajmniej nie takie dostępne bez podpisywania papierów. Więc coś kręcisz z tą Holandią chyba?
Poszukasz to znajdziesz.
Ten post był edytowany przez mlukas: 11/05/2020, 9:50
|
| |
|
|
2 Użytkowników czyta ten temat (2 Gości i 0 Anonimowych użytkowników)
0 Zarejestrowanych:
Śledź ten temat
Dostarczaj powiadomienie na email, gdy w tym temacie dodano odpowiedź, a ty nie jesteś online na forum.
Subskrybuj to forum
Dostarczaj powiadomienie na email, gdy w tym forum tworzony jest nowy temat, a ty nie jesteś online na forum.
Ściągnij / Wydrukuj ten temat
Pobierz ten temat w innym formacie lub zobacz wersję 'do druku'.
|
|
|
|
|
11/05/2020, 1:14
