Witaj GOŚCIU ( Zaloguj się | Rejestracja )
 
4 Strony < 1 2 3 4 > 
Reply to this topicStart new topicStart Poll

> Porównania genetyczne, współczesnych osobników i historycznych populacji
     
mlukas
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 876
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
Zawód: webmaster
 
 
post 19/09/2017, 18:50 Quote Post

Pokazuje genetyczną korelację pewnych próbek starożytnych ze współczesnymi populacjami.
 
User is offline  PMMini Profile Post #31

     
Michał..
 

V ranga
*****
Grupa: Użytkownik
Postów: 606
Nr użytkownika: 100.557

Zawód: biolog, genetyk
 
 
post 31/10/2017, 14:44 Quote Post

Łukasz, mam kilka pytań/uwag dotyczących niektórych szczegółów związanych z Twoimi mapkami opartymi na wynikach K36.

Pierwsze pytanie dotyczy braku jakichkolwiek różnic dla wyników odnoszących się do trzech różnych regionów (Germany_East, former Germany East, former East Prussia), tzn. u każdej testowanej osoby wszystkie te trzy regiony dają zawsze identyczne wyniki. Z czego to wynika (i czy poprawne jest w takim razie traktowanie tych regionów jako oddzielnych jednostek terytorialnych)?

Drugie pytanie dotyczy regionu PL_North, który bardzo wyróżnia się na tle innych regionów wchodzących w skład przedwojennej Polski. Chodzi o to, że zdecydowana większość współczesnych Słowian otrzymuje bardzo niskie wyniki dla tego regionu, zwłaszcza na tle sąsiednich regionów Polski (takich jak Kashubians, Great Poland (Wielkopolska), czy Mazovia). Dotyczy to np. nie tylko wszystkich Słowian Wschodnich, np. tych:
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
ale także wielu Polaków, między innymi Ciebie i mnie:
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
Są też jednak Polacy ze stosunkowo wysokimi wynikami dla PL-North, i dotyczy to np. Domena:
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
a zwłaszcza Lugiusa:
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
Wygląda to tak, jakby próbki referencyjne dla PL_North obejmowały sporo osób wykazujących całkiem znaczny udział "niesłowiańskich" przodków o trudnym do ustalenia pochodzeniu. Nie sądzę, żeby to się dało wytłumaczyć wyłącznie częściowo germańskim pochodzeniem, chyba że byłaby to bardzo specyficzna odmiana "Germanów" niezbyt blisko związana ze współczesnymi Niemcami. Ponieważ PL_North obejmuje Kujawy, a więc region, dla którego zakłada się możliwość przetrwania całkiem sporej populacji "wschodniogermańskich autochtonów" (być może ze znacznym udziałem wcześniejszej populacji łużyckiej/pomorskiej), to być może jest to właśnie jakiś ślad po tych Wschodnich Germanach (nieco odmiennych nie tylko od późniejszych napływowych Niemców, ale także od współczesnych im Swebów z dzisiejszych Niemiec Wschodnich i Czech).

Mapki dla Ciebie i Domena nie obejmują Saksonii (rozumiem, że wynika to z tego, że były tworzone zanim wydzieliłeś Saksonię w swoim zestawie analizowanych regionów). Czy masz może uaktualnione wersje tych dwóch mapek?

Ten post był edytowany przez Michał..: 31/10/2017, 14:45
 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #32

     
mlukas
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 876
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
Zawód: webmaster
 
 
post 31/10/2017, 22:13 Quote Post

QUOTE(Michał.. @ 31/10/2017, 14:44)
Łukasz, mam kilka pytań/uwag dotyczących niektórych szczegółów związanych z Twoimi mapkami opartymi na wynikach K36.

Pierwsze pytanie dotyczy braku jakichkolwiek różnic dla wyników odnoszących się do trzech różnych regionów (Germany_East, former Germany East, former East Prussia), tzn. u każdej testowanej osoby wszystkie te trzy regiony dają zawsze identyczne wyniki. Z czego to wynika (i czy poprawne jest w takim razie traktowanie tych regionów jako oddzielnych jednostek terytorialnych)?

Drugie pytanie dotyczy regionu PL_North, który bardzo wyróżnia się na tle innych regionów wchodzących w skład przedwojennej Polski. Chodzi o to, że zdecydowana większość współczesnych Słowian otrzymuje bardzo niskie wyniki dla tego regionu, zwłaszcza na tle sąsiednich regionów Polski (takich jak Kashubians, Great Poland (Wielkopolska), czy Mazovia). Dotyczy to np. nie tylko wszystkich Słowian Wschodnich, np. tych:
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
ale także wielu Polaków, między innymi Ciebie i mnie:
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
Są też jednak Polacy ze stosunkowo wysokimi wynikami dla PL-North, i dotyczy to np. Domena:
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
a zwłaszcza Lugiusa:
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
Wygląda to tak, jakby próbki referencyjne dla PL_North obejmowały sporo osób wykazujących całkiem znaczny udział "niesłowiańskich" przodków o trudnym do ustalenia pochodzeniu. Nie sądzę, żeby to się dało wytłumaczyć wyłącznie częściowo germańskim pochodzeniem, chyba że byłaby to bardzo specyficzna odmiana "Germanów" niezbyt blisko związana ze współczesnymi Niemcami. Ponieważ PL_North obejmuje Kujawy, a więc region, dla którego zakłada się możliwość przetrwania całkiem sporej populacji "wschodniogermańskich autochtonów" (być może ze znacznym udziałem wcześniejszej populacji łużyckiej/pomorskiej), to być może jest to właśnie jakiś ślad po tych Wschodnich Germanach (nieco odmiennych nie tylko od późniejszych napływowych Niemców, ale także od współczesnych im Swebów z dzisiejszych Niemiec Wschodnich i Czech).

Mapki dla Ciebie i Domena nie obejmują Saksonii (rozumiem, że wynika to z tego, że były tworzone zanim wydzieliłeś Saksonię w swoim zestawie analizowanych regionów). Czy masz może uaktualnione wersje tych dwóch mapek?
*




1. Regiony z mapek: Germany_East, former Germany East, former East Prussia mają jedną średnią oparta o różne próbki Niemców z byłego NRD i obecnej Polski. Podzieliłem to na trzy regiony, zakładając że jak będę miał kiedyś większą ilość próbek np. tylko dla byłych Ziem Zachodnich i tylko dla Prus Wschodnich to dam im osobne średnie. A regiony będe miał już gotowe. Ta sama sytuacja jest dla kilku regionów środkowej Hiszpanii na moich mapkach.

2. PL_North to najmniej geograficznie pewnie określona próba... Oparta jest o wyniki w K36 osób o niewątpliwie polskich nazwiskach, mailach w Gedmatch. Dwie osoby znalazłem np. na polskim forum geneaologicznym.
Ale wszyscy mają podwyższone wartości komponentów "północno-zachodnio-europejskich" ( np w K15 czy MDLP K23b mają wyniki 50% Polska + 50% Holandia itp), sugeruje to raczej pochodzenie z Polski północnej i zachodniej, jeśli to wpływ niemiecki to tylko z Niemiec północno-zachodnich / względnie jacyś Olendrzy czy Mennonici. Tu też raczej Polska zachodnia i północna wchodzi w grę. Ok mogą być tam pojedyncze osoby z innych rejonów Polski ale prawdopodobieństwo tego jest małe chyba. Jeśli tak to wpływy wchodniogermańskie?

3. Dla Domena robiłem z Saksonią, spytaj się go bo wysłałem mu na maila. Dla siebie mogę zrobić ponownie. Zrobię też dla rodziców przy okazji. BTW Saksonia to genomy z Lazaridisa 2016.
 
User is offline  PMMini Profile Post #33

     
Michał..
 

V ranga
*****
Grupa: Użytkownik
Postów: 606
Nr użytkownika: 100.557

Zawód: biolog, genetyk
 
 
post 1/11/2017, 0:57 Quote Post

QUOTE(mlukas @ 31/10/2017, 22:13)
1. Regiony z mapek: Germany_East, former Germany East, former East Prussia mają jedną średnią oparta o różne próbki Niemców z byłego NRD i obecnej Polski. Podzieliłem to na trzy regiony, zakładając że jak będę miał kiedyś większą ilość próbek np. tylko dla byłych Ziem Zachodnich i tylko dla Prus Wschodnich to dam im osobne średnie. A regiony będe miał już gotowe.
*


Ok, dzięki.


QUOTE(mlukas @ 31/10/2017, 22:13)
2. PL_North to najmniej geograficznie pewnie określona próba... Oparta jest o wyniki w K36 osób o niewątpliwie polskich nazwiskach, mailach w Gedmatch. Dwie osoby znalazłem np. na polskim forum geneaologicznym.
Ale wszyscy mają podwyższone wartości komponentów "północno-zachodnio-europejskich" ( np w K15 czy MDLP K23b mają wyniki 50% Polska + 50% Holandia itp), sugeruje to raczej pochodzenie z Polski północnej i zachodniej, jeśli to wpływ niemiecki to tylko z Niemiec północno-zachodnich / względnie jacyś Olendrzy czy Mennonici.
*


To ma sens. I rzeczywiście osoby mające przodków w Holandii, Flandrii i przylegających regionach Północnych Niemiec mają też często lekko podwyższone wartości PL_North (w porównaniu np. z wartościami dla Kaszubów i Wielkopolski):
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
czego w zasadzie nigdy nie widać u Niemców wywodzących się głównie z innych regionów:
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML

Nie jestem jednak do końca pewien, czy to jest jedyna (lub główna) przyczyna tych nietypowych wyników dla PL_North, czy też jest to jedynie częściowe wytłumaczenie, bo mam trochę wątpliwości, czy ta korelacja z potencjalnymi "Olendrami/Mennonitami" jest wystarczająco silna.


QUOTE(mlukas @ 31/10/2017, 22:13)
Jeśli tak to wpływy wchodniogermańskie?
*


Powyższe wyniki dla Holendrów/Flamandów/Płn.Niemców wprowadzają sporo wątpliwości w tym względzie, ale mimo wszystko nie da się tych hipotetycznych wschodniogermańskich koneksji całkowicie wykluczyć, zwłaszcza w kontekście niektórych wyników dla Kowalewka, np. tego:
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
a zwłaszcza tego:
https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
Największym problemem jest tu chyba bardzo niska jakość tych wielbarskich próbek, ale może sprawa się ostatecznie wyjaśni, gdy pojawią się w końcu próbki/wyniki lepszej jakości.


QUOTE(mlukas @ 31/10/2017, 22:13)
3. Dla Domena robiłem z Saksonią, spytaj się go bo wysłałem mu na maila. Dla siebie mogę zrobić ponownie. Zrobię też dla rodziców przy okazji. BTW Saksonia to genomy z Lazaridisa 2016.
*


Dzięki.

Przy okazji, udało Ci się może rozdzielić te rzekomo "słowiańskie" i "germańskie" wyniki dla WEZ?





Ten post był edytowany przez Michał..: 1/11/2017, 1:03
 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #34

     
mlukas
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 876
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
Zawód: webmaster
 
 
post 1/11/2017, 1:22 Quote Post

Uczę się obsługi Admixture teraz. Znaczy się wyniki testu uzyskujuę bez problemu. Jeszcze kwestia wizualizacji ich w R w formie wykresu słupkowego. Zrobię niedługo własny wykres, podobny do tego co zamieściłem od Genetikera. Ale tylko z próbkami z Europy, nowymi i starymi.

Ten post był edytowany przez mlukas: 1/11/2017, 1:23
 
User is offline  PMMini Profile Post #35

     
Domen
 

IX ranga
*********
Grupa: Użytkownik
Postów: 6.358
Nr użytkownika: 14.456

 
 
post 1/11/2017, 2:25 Quote Post

Tutaj jest nowa wersja mojej mapy korelacji (już z Saksonią i w lepszej "rozdzielczości"):

https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
 
User is offline  PMMini Profile Post #36

     
Michał..
 

V ranga
*****
Grupa: Użytkownik
Postów: 606
Nr użytkownika: 100.557

Zawód: biolog, genetyk
 
 
post 1/11/2017, 10:54 Quote Post

QUOTE(Domen @ 1/11/2017, 2:25)
Tutaj jest nowa wersja mojej mapy korelacji (już z Saksonią i w lepszej "rozdzielczości"):

https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
*


Dzięki. Proporcjonalnie (w stosunku do Mazowsza i Kaszubów) wynik dla PL_North wyraźnie Ci się teraz obniżył. Masz jakichś przodków z Kujaw (lub blisko przylegających regionów Wielkopolski)?





Ten post był edytowany przez Michał..: 1/11/2017, 10:55
 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #37

     
mlukas
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 876
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
Zawód: webmaster
 
 
post 1/11/2017, 13:37 Quote Post

QUOTE(Michał.. @ 1/11/2017, 10:54)
QUOTE(Domen @ 1/11/2017, 2:25)
Tutaj jest nowa wersja mojej mapy korelacji (już z Saksonią i w lepszej "rozdzielczości"):

https://fusiontables.googleusercontent.com/...tmplt=2&hml=KML
*


Dzięki. Proporcjonalnie (w stosunku do Mazowsza i Kaszubów) wynik dla PL_North wyraźnie Ci się teraz obniżył. Masz jakichś przodków z Kujaw (lub blisko przylegających regionów Wielkopolski)?
*




Na jednym forum nie skumali, wiec wyjasniam:) To nie jest mapa korelacji związana z Tollense. Tylko mapa korelacji genomu Domena ze wspólczesnymi wynikami populacji Europy i świata.
 
User is offline  PMMini Profile Post #38

     
mlukas
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 876
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
Zawód: webmaster
 
 
post 5/11/2017, 22:18 Quote Post

Zrobiłem eksperyment w kontekście słabej jakości próbek Figlerowicza czy z Tollense. Wiele słabej jakości genomów ma tam bardzo zawyżone (procentowo) komponenty regionalne i ma ich ogólnie mniej niż dobrej jakości genomy.


W PLINK zmniejszyłem swój genom na wzór ilości snipów w Kowalewko22 (2126 snp). Oczywiście proporcje się zmieniły i mam po tej operacji tylko kilka komponentów regionalnych, ale dalej przeważają północno-wschodnie, czyli prawidłowow (np. w Eurogenes K36). Podobny eksperyment robił moderator z Anthrogeniki Anglesqueville dla genomu swojej matki i też ciągle był "północno-zachodni" po zmniejszeniu (tylko on ograniczył do 22 000 snp).

Wniosek jest taki że słabej jakości genom przejaskrawia swoje podstawowe komponenty, a ucina większość mniejszościowych. Ale ogólna charakterystyka regionalna zostaje podobna jakby był dobrej jakości. No i dostaje się ekstra SSA (w tym wypadku 2% Pygmy).

Proporcje 4 środkowo-wschodnio-europejskich komponentów zostały na tym samym łącznym poziomie (62%).

Z730039
Wynik przy 2126 snp

Basque 1.92
Central_Euro 6.21
East_Balkan 21.82
East_Central_Euro 7.06
Eastern_Euro 38.38

Fennoscandian 10.46
French 11.66
Iberian 0.54
Pygmy 1.94

Zwykły wynik (branych pod uwagę 165 000 snp)

Basque 0.26
Central_Euro 9.29
East_Balkan 8.77
East_Central_Euro 25.69
Eastern_Euro 15.12

Fennoscandian 11.89
French 4.53
Iberian 5.29
Italian 2.65
North_Atlantic 5.48
North_Caucasian 0.87
North_Sea 7.95
Northeast_African 0.24
Volga-Ural 1.54
West_Caucasian 0.41

Ten post był edytowany przez mlukas: 5/11/2017, 22:21
 
User is offline  PMMini Profile Post #39

     
mlukas
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 876
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
Zawód: webmaster
 
 
post 5/11/2017, 22:52 Quote Post

Myślę że to dobra wiadomość. Bo do tej pory nasi polscy badacze publikują nam screeny genomów, a wcale nie oznacza to że muszą one zafałszowywać mocno rzeczywistość..
 
User is offline  PMMini Profile Post #40

     
mlukas
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 876
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
Zawód: webmaster
 
 
post 6/11/2017, 13:16 Quote Post

Jeśli było niejasne to wyjaśniam.
Zredukowałem ("uszkodziłem") swój genom do takiej ilości snipów jak w próbce z Kowalewka. Czemu wybrałem Kowalewko22? Bo próbki z Tollense są trochę nietypowo zakodowane i nie byłbym na 100% pewny że redukcja poszła tak jak chciałem.
Tu chodziło o przykład, jak próbka może wyglądać po "uszkodzeniu" i że nawet wtedy jest w ogólnym zarysie podobna do próbki pierwotnej ("nieuszkodzonej").
 
User is offline  PMMini Profile Post #41

     
Michał..
 

V ranga
*****
Grupa: Użytkownik
Postów: 606
Nr użytkownika: 100.557

Zawód: biolog, genetyk
 
 
post 6/11/2017, 13:54 Quote Post

QUOTE(mlukas @ 6/11/2017, 13:16)
Jeśli było niejasne to wyjaśniam.
Zredukowałem ("uszkodziłem") swój genom do takiej ilości snipów jak w próbce z Kowalewka.
*


Myślę, że przedstawiłeś to bardzo klarownie już w pierwszym poście.

Udało Ci się może rozdzielić WEZ na dwie teoretyczne subpopulacje i przedstawić te wyniki na swoich mapkach opartych na wynikach K36?



 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #42

     
Domen
 

IX ranga
*********
Grupa: Użytkownik
Postów: 6.358
Nr użytkownika: 14.456

 
 
post 26/01/2018, 15:32 Quote Post

Zamówiłem raport na temat mojej haplogrupy matczynej (mtDNA) od autora blogów mtDNA Wiki oraz mtDNA Atlas:

http://mtdnawiki.com

http://mtdnaatlas.blogspot.com

Raport kosztuje 7 dolarów: http://mtdnawiki.com/order-an-mtdna-report-6/

Okazuje się, że moja haplogrupa mtDNA jest wyjątkowo słowiańska i pochodzi od ludności kultury ceramiki sznurowej:

user posted image

user posted image

user posted image

Podsumowanie:

Haplogrupa mtDNA W najprawdopodobniej pochodzi od CHG (kaukaskich łowców-zbieraczy). Stamtąd subklad W6 rozprzestrzenił się wraz z kobietami z Kaukazu na stepy pontyjsko-kaspijskie i wszedł w skład ludności kultury jamowej. Następnie ok. 5000-4000 lat temu wyodrębnił się subklad W6a wśród pochodzącej ze stepu ludności kultury ceramiki sznurowej. Próbki kopalnego DNA wskazują na obecność W6a u "sznurowców" z Litwy i ze wschodnich Niemiec (te same informacje można znaleźć na stronie: http://www.thecid.com). Obecnie haplogrupa W6a wyjątkowo silnie koreluje z ludnością słowiańską. Najpewniej jej nosiciele wchodzili w skład społeczności Proto-Słowian.

Zbliżenie na mapę próbek kopalnego DNA z mHG W6:

https://i.imgur.com/ZM5S98A.png

user posted image

Ten post był edytowany przez Domen: 26/01/2018, 17:33
 
User is offline  PMMini Profile Post #43

     
Domen
 

IX ranga
*********
Grupa: Użytkownik
Postów: 6.358
Nr użytkownika: 14.456

 
 
post 1/02/2018, 22:13 Quote Post

R1a-CTS1211 stanowi ok. 37% do 38,5% całego R1a w Polsce, właśnie opublikowano dwie starożytne próbki tego subkladu:

Litwa, Spiginas 2, 2130-1750 p.n.e., Baltic_EBA, R1a-Z280>CTS1211+

Łotwa, Kivutkalns 19, 730-400 p.n.e., Baltic_LBA, R1a-Z280>CTS1211>YP1034>Y13467+

Czyżby przodkowie ok. 1/5 polskich mężczyzn pochodzili z Litwy i Łotwy epoki brązu?

==========

YFull szacuje wiek subkladu R1a-CTS1211 na ok. 4600 lat, a TMRCA na ok. 4400 lat temu:

https://www.yfull.com/tree/R-CTS1211/

Jeśli te szacunki są poprawne to, Spiginas 2 nie jest dużo młodszy niż wiek samego kladu.

Ten post był edytowany przez Domen: 1/02/2018, 22:45
 
User is offline  PMMini Profile Post #44

     
Lugius
 

I ranga
*
Grupa: Użytkownik
Postów: 28
Nr użytkownika: 101.528

 
 
post 1/02/2018, 23:06 Quote Post

Odpowiedź Davdskiego na pytanie o podobieństwo genetyczne Polaków do Bałtów:

This is normal for all Poles. It's just Polish ancestry + ancient ancestry that peaks in the East Baltic together creating an illusion.
Populations around the southern and eastern Baltic are very homogeneous and carry more of the ancestral haplotypes found throughout Central and Eastern Europe.

 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #45

4 Strony < 1 2 3 4 > 
1 Użytkowników czyta ten temat (1 Gości i 0 Anonimowych użytkowników)
0 Zarejestrowanych:


Topic Options
Reply to this topicStart new topic

 

 
Copyright © 2003 - 2018 Historycy.org
historycy@historycy.org, tel: 12 346-54-06

Kolokacja serwera, łącza internetowe:
Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej