Witaj GOŚCIU ( Zaloguj się | Rejestracja )
 
277 Strony « < 227 228 229 230 231 > »  
Reply to this topicStart new topicStart Poll

> Badania aDNA w Europie i na świecie
     
Alexander Malinowski 3
 

IX ranga
*********
Grupa: Użytkownik
Postów: 5.325
Nr użytkownika: 100.863

Alexander Malinowski
Zawód: Informatyk
 
 
post 30/08/2020, 8:53 Quote Post

QUOTE(Domen @ 30/08/2020, 8:49)
30 to nie jest Olecko, już prędzej okolice Giżycka.

Tak w ogóle te liczby oznaczają grupy/klastry po kilka powiatów, a nie jeden powiat/miasto.
*



Ale pozostaje praca wyjaśnienia, skąd pochodzą te dziwne różnice genetyczne.
Miałeś rację, powinni pytać o najstarszego męskiego przodka i gdzie się urodził.
 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #3421

     
Domen
 

X ranga
**********
Grupa: Użytkownik
Postów: 9.334
Nr użytkownika: 14.456

Tomenable / Kapuscinski Piotr
Zawód: IT & biotechnology
 
 
post 30/08/2020, 23:24 Quote Post

QUOTE(Alexander Malinowski 3 @ 30/08/2020, 8:53)
skąd pochodzą te dziwne różnice genetyczne.


Będzie, że się czepiam, ale moim zdaniem 2705 osób na całą Polskę to po prostu za mała próba. Taka próba byłaby idealna gdyby chodziło o DNA autosomalne, ale jeśli badali haplogrupy to powinno być więcej moim zdaniem. Te wahania frekwencji mogą wynikać częściowo ze zbyt małej liczebności prób dla niektórych obszarów.

Mamy łącznie 314 powiatów oraz 66 miast na prawach powiatu, razem 380.

Ze dwadzieścia osób na powiat powinni zbadać minimum, to wychodzi 7600.

CODE
Miałeś rację, powinni pytać o najstarszego męskiego przodka i gdzie się urodził.


Dokładnie, to też.

Mogli zebrać zarówno dane o obecnej lokalizacji jak i o pochodzeniu ich najstarszego przodka, mieliby dwa zestawy danych w cenie jednego.

Tzn. dla każdej osoby mieliby dwie lokalizacje - miejsce urodzenia/zamieszkania tej osoby, oraz miejsce urodzenia jej najstarszego przodka.

Ten post był edytowany przez Domen: 31/08/2020, 4:36
 
User is offline  PMMini Profile Post #3422

     
Domen
 

X ranga
**********
Grupa: Użytkownik
Postów: 9.334
Nr użytkownika: 14.456

Tomenable / Kapuscinski Piotr
Zawód: IT & biotechnology
 
 
post 31/08/2020, 23:25 Quote Post

Haplogrupy Y-DNA z Serbii czasów rzymskich, łącznie 39 próbek, w tym:

Viminacium - 28 próbek - https://pl.wikipedia.org/wiki/Viminacium_(miasto)#Historia
Timacum Minus - 10 próbek - https://en.wikipedia.org/wiki/Timacum_Minus
Lepenski Vir - 1 próbka - https://pl.wikipedia.org/wiki/Lepenski_Vir

Haplogrupy wyszły takie:

Haplogrupa E - próbek 17
Haplogrupa G - próbek 6
Haplogrupa J - próbek 5
Haplogrupa R1b - próbek 5 (3 x Z2103 czyli klad "wschodni", U152, U106)
Haplogrupa I1 - próbki 2
Haplogrupa R1a - próbki 2 (obie Z2124 czyli klad indo-irański / "azjatycki")
Haplogrupa T - próbka 1
Haplogrupa I2 - próbka 1 (subklad L596)

Nie było w Serbii czasów rzymskich haplogrup korelujących dziś ze Słowianami.

Czyli wychodzi na to, że prawie całe R1a oraz I2a-Din przynieśli tam Słowianie.

Ten post był edytowany przez Domen: 31/08/2020, 23:44
 
User is offline  PMMini Profile Post #3423

     
Lugius
 

III ranga
***
Grupa: Użytkownik
Postów: 117
Nr użytkownika: 101.528

 
 
post 1/09/2020, 18:08 Quote Post

Czyli tak duże ilości I2a przynieśiby Biali Chorwaci i Serbowie z północnych lub wschodnich terenów Europy? Czyli Ilirowie to głównie haplogrupach E
 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #3424

     
Domen
 

X ranga
**********
Grupa: Użytkownik
Postów: 9.334
Nr użytkownika: 14.456

Tomenable / Kapuscinski Piotr
Zawód: IT & biotechnology
 
 
post 4/09/2020, 1:17 Quote Post

QUOTE(Lugius @ 1/09/2020, 18:08)
Czyli tak duże ilości I2a przynieśiby Biali Chorwaci i Serbowie z północnych lub wschodnich terenów Europy? Czyli Ilirowie to głównie haplogrupach E
*



Na to wygląda. E to najczęściej występująca haplogrupa u Albańczyków.
 
User is offline  PMMini Profile Post #3425

     
mlukas
 

VII ranga
*******
Grupa: Użytkownik
Postów: 2.496
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
 
 
post 6/09/2020, 23:09 Quote Post

Praca Burgera o Tollense najnowsza.

https://drive.google.com/file/d/1rvi8pZJJab...iew?usp=sharing
 
User is offline  PMMini Profile Post #3426

     
mlukas
 

VII ranga
*******
Grupa: Użytkownik
Postów: 2.496
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
 
 
post 6/09/2020, 23:57 Quote Post

https://eurogenes.blogspot.com/2020/09/low-...ersistence.html

Najciekawszy genom WEZ56 z tzw. "BaltoSlavic drift" według Davida Wesołowskiego.

K36


Components %
Central_Euro 3,79
East_Balkan 4,23
East_Central_Euro 31,58
Eastern_Euro 11,24
Fennoscandian 13,92
French 0,92
Italian 4,77
North_Atlantic 8,45
North_Caucasian 0,79
North_Sea 20,31


user posted image

ADC: 1x
56.6 PL_Suwalki
41.0 PL_Kuyavia_&_SE_Pomerania
2.4 Neumark

ADC: 0.5x
38.2 PL_Suwalki
26.4 Latvia_north-eastern
24.0 Neumark
11.4 NL_Friesland

ADC: 0.25x
64.0 Latvia_north-eastern
36.0 NL_Friesland

63.2 Latvia_north-eastern
36.8 NL_Friesland



K15

Components %
North_Sea 27,42
Atlantic 22,79
Baltic 32,98
Eastern_Euro 12,79
West_Med 2,07
West_Asian 1,15
South_Asian 0,80




Mixed Mode:
1 68,36% Lithuanian + 31,64% Irish @ 7,409
2 69,14% Lithuanian + 30,86% West_Scottish @ 7,609
3 67,58% Lithuanian + 32,42% North_Dutch @ 7,727
4 66,80% Lithuanian + 33,20% Danish @ 7,803
5 71,48% Lithuanian + 28,52% Orcadian @ 7,818
6 69,92% Lithuanian + 30,08% Southeast_English @ 8,037
7 63,67% Latvian + 36,33% Irish @ 8,053
8 69,92% Lithuanian + 30,08% England @ 8,070
9 65,23% Lithuanian + 34,77% North_German @ 8,109
10 65,23% Lithuanian + 34,77% Swedish @ 8,118

Least-squares method.

Using 1 populations approximation
1 100% Estonian @ 10,954
2 100% Polish @ 11,984
3 100% Belorussian @ 13,127
4 100% South_Polish @ 13,144
5 100% Lithuanian @ 13,631
6 100% Russian_Smolensk @ 14,068
7 100% Southwest_Finnish @ 14,292
8 100% Ukrainian_Lviv @ 14,483
9 100% Estonian_Polish @ 14,633
10 100% Ukrainian @ 14,651

Using 2 populations approximation
1 50% Latvian + 50% North_German @ 9,187
2 50% Lithuanian + 50% North_German @ 9,401
3 50% Lithuanian + 50% Swedish @ 9,441
4 50% Lithuanian + 50% Aland_Sweden @ 9,467
5 50% Latvian + 50% Irish @ 9,572
6 50% Latvian + 50% North_Dutch @ 9,602
7 50% Lithuanian + 50% Danish @ 9,624
8 50% Latvian + 50% Danish @ 9,737
9 50% Lithuanian + 50% North_Dutch @ 9,750
10 50% Latvian + 50% Swedish @ 9,790

Using 3 populations approximation
1 33% Lithuanian + 33% Lithuanian + 33% Irish @ 7,438
2 33% Lithuanian + 33% Lithuanian + 33% West_Scottish @ 7,672
3 33% Lithuanian + 33% Lithuanian + 33% North_Dutch @ 7,730
4 33% Lithuanian + 33% Lithuanian + 33% Danish @ 7,803
5 33% Lithuanian + 33% Lithuanian + 33% Orcadian @ 8,035
6 33% Lithuanian + 33% Lithuanian + 33% North_German @ 8,123
7 33% Lithuanian + 33% Lithuanian + 33% Swedish @ 8,130
8 33% Lithuanian + 33% Lithuanian + 33% Southeast_English @ 8,130
9 33% Lithuanian + 33% Lithuanian + 33% England @ 8,156
10 33% Latvian + 33% Latvian + 33% Irish @ 8,157

Using 4 populations approximation
1 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Irish @ 7,779
2 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% West_Scottish @ 7,890
3 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Orcadian @ 7,943
4 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% North_Dutch @ 8,166
5 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Southeast_English @ 8,244
6 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Danish @ 8,280
7 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% England @ 8,282
8 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Scotland @ 8,380
9 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% West_Norwegian @ 8,398
10 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Lithuanian + 25% Dutch @ 8,479


nMonte Calculator by www.dnagenics.com
v1.1 04/02/2020

Finished reading population data. 277 populations found.
15 components mode.

--------------------------------
Distance: 8,60

69,20% Lithuanian
28,80% Irish
01,80% Danish
00,20% Estonian

Ten post był edytowany przez mlukas: 6/09/2020, 23:59
 
User is offline  PMMini Profile Post #3427

     
Domen
 

X ranga
**********
Grupa: Użytkownik
Postów: 9.334
Nr użytkownika: 14.456

Tomenable / Kapuscinski Piotr
Zawód: IT & biotechnology
 
 
post 7/09/2020, 1:57 Quote Post

Czyli wyniki z nowych, lepszej jakości BAM-ów, w sumie niewiele się różnią od tych z wersji "przesiewowej" ("screening" jak to Davidski określił)?:

http://www.historycy.org/index.php?showtopic=200151

Ale i tak pobiorę sobie i sprawdzę te nowe, jak będę miał czas.
 
User is offline  PMMini Profile Post #3428

     
mlukas
 

VII ranga
*******
Grupa: Użytkownik
Postów: 2.496
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
 
 
post 8/09/2020, 22:32 Quote Post

Sample z Tollense z nowej pracy na PCA w według kalkulatora K36.

Ich teoretyczne klastry to tylko moje dywagacje.

https://i.imgur.com/yzGqrCO.png

Ten post był edytowany przez mlukas: 8/09/2020, 22:32
 
User is offline  PMMini Profile Post #3429

     
mlukas
 

VII ranga
*******
Grupa: Użytkownik
Postów: 2.496
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
 
 
post 8/09/2020, 22:53 Quote Post

Hmm, ze dwóch co się lokuje w klastrze wschodnioniemieckim i jeden z austriackiego (WEZ39 ma bliżej w oracle do Turyngii niż na PCA) ma bardzo silne nawiązania do wschodnioniemieckich lokalnych referencji. Nie że jest to wypadkowa różnych domieszek. To wygląda według mnie na zanieczyszczenie próbek przez niemieckich badaczy ich własnym DNA, względnie przez nrd-owskich archeologów co je wydobyli (to bardziej prawdopodobne i genetycy mogli uznać że to oryginalny materiał).

Ten post był edytowany przez mlukas: 8/09/2020, 23:07
 
User is offline  PMMini Profile Post #3430

     
Domen
 

X ranga
**********
Grupa: Użytkownik
Postów: 9.334
Nr użytkownika: 14.456

Tomenable / Kapuscinski Piotr
Zawód: IT & biotechnology
 
 
post 9/09/2020, 3:04 Quote Post

QUOTE(mlukas @ 8/09/2020, 22:53)
Nie że jest to wypadkowa różnych domieszek. To wygląda według mnie na zanieczyszczenie próbek przez niemieckich badaczy ich własnym DNA, względnie przez nrd-owskich archeologów co je wydobyli (to bardziej prawdopodobne i genetycy mogli uznać że to oryginalny materiał).


Wątpię, przecież ich haplogrupy Y-DNA wyszły zupełnie różne niż współcześnie występujące na obszarze byłego NRD.
 
User is offline  PMMini Profile Post #3431

     
mlukas
 

VII ranga
*******
Grupa: Użytkownik
Postów: 2.496
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
 
 
post 9/09/2020, 10:52 Quote Post

QUOTE(Domen @ 9/09/2020, 3:04)
QUOTE(mlukas @ 8/09/2020, 22:53)
Nie że jest to wypadkowa różnych domieszek. To wygląda według mnie na zanieczyszczenie próbek przez niemieckich badaczy ich własnym DNA, względnie przez nrd-owskich archeologów co je wydobyli (to bardziej prawdopodobne i genetycy mogli uznać że to oryginalny materiał).


Wątpię, przecież ich haplogrupy Y-DNA wyszły zupełnie różne niż współcześnie występujące na obszarze byłego NRD.
*


Tak wiem, ale może jakiś specjalista się wypowie czy w przypadku kontaminacji próbek, może zajść sytuacja że materiał oryginalny da się odkryć w haplogrupach, a dla autosomów mamy zanieczyszczenie DNA współczesnym (względnie sytuacja odwrotna ale nie tutaj).

Wysłałem wczoraj skonwertowane z bamów pliki z Tollense Davidskiemu na maila. Widocznie okazały się ok bo mamy je w G25 https://eurogenes.blogspot.com/2020/09/warr...-different.html

Moje PCA w K36 jest mniej więcej zgodne z tymi wynikami. Oczywiście jest tu mniej populacji regionalnych.




Distance to: DEU_Tollense_BA:WEZ59
0.06475266 German_East
0.06680599 Swedish
0.06891362 Icelandic
0.06895400 German
0.06920844 Czech
0.06982397 Sorb_Niederlausitz
0.06993339 Slovakian
0.07030120 Polish
0.07142976 Orcadian
0.07149427 Danish

Distance to: DEU_Tollense_BA:WEZ58
0.08126806 Swedish
0.08487436 Polish
0.08569600 Finnish
0.08605445 German_East
0.08614970 Cossack_Ukrainian
0.08629412 Estonian
0.08762736 Ingrian
0.08767109 Russian_Voronez
0.08784685 Slovakian
0.08786720 Lithuanian_VA

Distance to: DEU_Tollense_BA:WEZ57
0.04239983 French_Paris
0.04301626 Swiss_German
0.04357829 French_Nord
0.04396632 French_Occitanie
0.04449055 Belgian
0.04584339 French_Alsace
0.04661202 French_Auvergne
0.04747736 Afrikaner
0.04760582 French_Pas-de-Calais
0.04824914 French_Brittany

Distance to: DEU_Tollense_BA:WEZ56
0.05475256 Lithuanian_VZ
0.05483564 Lithuanian_VA
0.05500475 Lithuanian_SZ
0.05505482 Lithuanian_PZ
0.05516224 Lithuanian_PA
0.05549548 Latvian
0.05771721 Lithuanian_RA
0.06065908 Belarusian
0.06217453 Estonian
0.06300635 Russian_Smolensk



Distance to: DEU_Tollense_BA:WEZ51
0.06272107 German_East
0.06464310 Czech
0.06589246 Danish
0.06709547 German
0.06803772 Hungarian
0.06926291 Swedish
0.06929647 Polish
0.06937832 Sorb_Niederlausitz
0.06950277 Slovenian
0.07018940 Croatian

Distance to: DEU_Tollense_BA:WEZ40
0.05444130 Polish
0.05553906 Sorb_Niederlausitz
0.05579722 Russian_Voronez
0.05658834 Belarusian
0.05700577 German_East
0.05716072 Ukrainian
0.05752008 Cossack_Ukrainian
0.05767311 Russian_Smolensk
0.05795833 Russian_Orel
0.05998875 Russian_Kursk

Distance to: DEU_Tollense_BA:WEZ35
0.05528936 Austrian
0.05545530 German
0.05683446 German_East
0.05736236 Czech
0.05777461 Slovenian
0.05815326 French_Pas-de-Calais
0.05826334 Croatian
0.05872550 Hungarian
0.06036611 Afrikaner
0.06039934 French_Brittany

Distance to: DEU_Tollense_BA:WEZ15
0.05197955 Slovakian
0.05219037 Sorb_Niederlausitz
0.05483414 Polish
0.05608252 Czech
0.05807021 Cossack_Ukrainian
0.05892875 Swedish
0.05916872 Ukrainian
0.05919999 German_East
0.06208031 Lithuanian_PA
0.06248675 Russian_Voronez

------------
Distance to: DEU_Tollense_BA:WEZ53
0.05577383 German_East
0.05584274 Slovenian
0.05768831 Austrian
0.05826673 German
0.05894190 French_Alsace
0.05921558 Croatian
0.05954961 French_Nord
0.06019242 Hungarian
0.06126941 Swiss_German
0.06157395 French_Occitanie


Target: DEU_Tollense_BA:WEZ53
Distance: 4.4817% / 0.04481688 | ADC: 0.25x
39.2 Basque_French
30.2 Slovenian
12.2 Lithuanian_PZ
10.6 Russian_Smolensk
7.8 Spanish_Asturias

U mnie jest to na PCa w połowie drogi mniej więcej między Baskami a Słowenią więc się zgadza.
--------------


Poza tym, nie wiem czy nie oznaczył źle nazwy próbki. Zapytam się, bo u mnie jest bardzo północno-atlantycka w K36.

Distance to: DEU_Tollense_BA:WEZ83
0.06109585 Slovakian
0.06418548 Swedish
0.06480593 Cossack_Kuban
0.06855496 Norwegian
0.06946194 Polish
0.06950709 Czech
0.07055393 Sorb_Niederlausitz
0.07095483 Icelandic
0.07114529 Dutch
0.07151699 Cossack_Ukrainian
 
User is offline  PMMini Profile Post #3432

     
Domen
 

X ranga
**********
Grupa: Użytkownik
Postów: 9.334
Nr użytkownika: 14.456

Tomenable / Kapuscinski Piotr
Zawód: IT & biotechnology
 
 
post 9/09/2020, 11:39 Quote Post

QUOTE(mlukas @ 9/09/2020, 10:52)
Tak wiem, ale może jakiś specjalista się wypowie czy w przypadku kontaminacji próbek, może zajść sytuacja że materiał oryginalny da się odkryć w haplogrupach, a dla autosomów mamy zanieczyszczenie DNA współczesnym (względnie sytuacja odwrotna ale nie tutaj).


Masz na myśli naukowców uczestniczących w badaniach DNA ze starożytnych kości? Nie wypowie się bo ma tutaj bana, prof. Janusz Piontek. Na Histmagu chyba pisuje.

Ten post był edytowany przez Domen: 9/09/2020, 11:43
 
User is offline  PMMini Profile Post #3433

     
mdrus
 

Nowicjusz
Grupa: Użytkownik
Postów: 2
Nr użytkownika: 96.702

 
 
post 10/09/2020, 11:40 Quote Post

QUOTE
Tak wiem, ale może jakiś specjalista się wypowie czy w przypadku kontaminacji próbek, może zajść sytuacja że materiał oryginalny da się odkryć w haplogrupach, a dla autosomów mamy zanieczyszczenie DNA współczesnym (względnie sytuacja odwrotna ale nie tutaj).


Witam,

Albo mamy zanieczyszczenie albo go nie mamy. Nie może być tak że wybiórczo zanieczyścimy Y-ka lub mtDNA ,a autosomy nie.

Zresztą to powinno zostać wyłapane na poziomie wzoru uszkodzeń aDNA. Ponadto każda próbka powinna przechodzić weryfikację zanieczyszczeń po mtDNA oraz Y-ku w przypadku facetów. Powinno to zostać wyeliminowane na poziomie obróbki końcowej.
 
User is offline  PMMini Profile Post #3434

     
Domen
 

X ranga
**********
Grupa: Użytkownik
Postów: 9.334
Nr użytkownika: 14.456

Tomenable / Kapuscinski Piotr
Zawód: IT & biotechnology
 
 
post 12/09/2020, 15:18 Quote Post

QUOTE(mdrus @ 10/09/2020, 11:40)
Witam,

Albo mamy zanieczyszczenie albo go nie mamy. Nie może być tak że wybiórczo zanieczyścimy Y-ka lub mtDNA ,a autosomy nie.

Zresztą to powinno zostać wyłapane na poziomie wzoru uszkodzeń aDNA. Ponadto każda próbka powinna przechodzić weryfikację zanieczyszczeń po mtDNA oraz Y-ku w przypadku facetów. Powinno to zostać wyeliminowane na poziomie obróbki końcowej.


Tak też myślałem, dzięki za rozwianie wątpliwości.
 
User is offline  PMMini Profile Post #3435

277 Strony « < 227 228 229 230 231 > »  
2 Użytkowników czyta ten temat (2 Gości i 0 Anonimowych użytkowników)
0 Zarejestrowanych:


Topic Options
Reply to this topicStart new topic

 

 
Copyright © 2003 - 2021 Historycy.org
historycy@historycy.org, tel: 12 346-54-06

Kolokacja serwera, łącza internetowe:
Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej