Witaj GOŚCIU ( Zaloguj się | Rejestracja )
 
62 Strony « < 60 61 62 
Reply to this topicStart new topicStart Poll

> R1a i R1b
     
Paweł Gajtkowski
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 1.032
Nr użytkownika: 2.023

 
 
post 25/10/2021, 22:18 Quote Post

QUOTE(sirdaniel @ 24/10/2021, 23:20)
Czytając kazania świętokrzyskie widzimy, że w XIV wieku języki mocno sie rozeszły. Coś się dużo musiało dziać przez 200 - 300 lat.
*




Wybitniejsze różnice zachodzą w słownictwie; już i na tę dobę przypadają
bowiem rozstrzygające zmiany, dwojakie, utrata dawnego dobra i mienia;
nabywanie nowego.
Już język XIV i XV wieku pozbywa się dawnych słów, niby zbytecznych,
pozapominał je po prostu, np. obok czas, czaśny i t. p. mieliśmy wrzemię,
wrzemienny, czego już pisarz psałterza floryańskiego nie rozumiał i brzemieniem
napisał. Giną dawne nazwy części ciała, grędzi (piersi), odziecki, pokrątek
(nerek) i t. d.; giną nazwy stopieni (stopni) pokrewieństwa, nieć i nieściora
(kuzynka), czędo (dziecko), chociaż szurza i dziewierz, jątrewka i zełwa lub
zołwa (szwagier, szwagrowa), świekier i świekra się dzierżą. Giną nazwy ubioru
i czynu (broni), rucho szata, mszyca welon, szyp strzała, szłom hełm. Już
nie rozumieją, co to wiodro (pogoda piękna); wełny (fale) biją, że aż leleje
się trzem
(kołysze się sień)[...].
Ubytki wynagradzają (obok ciągłych własnych nowotworów, o których
niżej pomówimy osobno), przybysze z obczyzny. Najmniej od wschodu; żywiołów
wschodnich i ruskich brak w polszczyźnie do końca XV w. niemal
zupełnie. Jest kuma, co się aż z mongołszczyzny przyplątała
[...]
Tem bardziej wystawiała się Polska na zalew żywiołów obcych od zachodu,
przekształcający z czasem do podstaw samych słownik, nadający mu
cechy, jakich się więcej już nie miał pozbyć. Związki z zachodem zaczęły się
już w dziesiątym wieku; groziła nieraz zawisłość Polski hołdowniczej od ce-
sarstwa - wreszcie wprowadziła Polska w własne wnętrze silny żywioł niemiecki
i po wiekach dopiero strawiła go, ale zostawił on ślady niestarte wła-
śnie w języku. Na wiek trzynasty przypada olbrzymi napływ niemiecczyzny
do grodów a miejscami i do wsi polskich; stosunki krajowe ulegają zupełnemu
przewrotowi; handel, przemysł, rękodzieła, nawet uprawa roli rozwijają
się w nowym kierunku; tworzą się nowe stany, zamożne, zasobne w kulturę
i one to nadają ton życiu polskiemu. Powstają miasta polskie; typ mieścica
(mieszczanina) przewyższający dawnego, niekulturalnego Polanina pojawia się
dopiero teraz. Mogły w końcu otrząść się żywioły narodowe, t. j . dawne stany,
z przewagi nowych kolonistów, mogły ją zgnieść, a potem i samych "mieści-
ców" wszelkich wpływów i znaczenia pozbawić, język jednak raz przybranej
szaty już więcej nie zrzucił.
Wpływyy te zachodnie nie w jednym wieku i nie w jednym kierunku
występowały. Wyprzedziły nawet wiek XIII i XIV i szły nie tylko od Franko-
nii, ani tylko odgórnych i dolnych Niemiec. Zagaiło je duchowieństwo, szcze-
gólniej zakonne - najdawniejsza warstwa, benedyktyńska np., wcale nie z Nie-
miec się wywodziła, jak późniejsza, cysterska, gdzie żywioł niemiecki każdy
inny przeważał. Z duchowieństwem romańskim przybyło wiele nazw, szczególnie
gospodarskich oznaczających naczynia, narzędzia uprawy ogrodowej, warzywa,
kwiaty.
(Aleksander Brückner, Dzieje kultury polskiej)

 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #916

     
poloh
 

III ranga
***
Grupa: Użytkownik
Postów: 296
Nr użytkownika: 91.203

 
 
post 26/10/2021, 12:59 Quote Post

Ciekawe, która haplogrupa Y-DNA (zwłaszcza spośród tych mających ok. 1500 - 2000 lat) może być uznana za najbardziej "lechicką"... Wydaje się, że powinien to być jeden z młodych subkladów haplogrupy R-Z282, spod mutacji M458 lub Z280. Jednym z moich kandydatów może być R-YP314 (pod R1a>Z280>CTS1211>Y35>CTS3402>Y33>CTS8816>Y3301>YP311>S18681>YP315) datowane przez YFull na ok. 1600 lat, na YFull ma 52 próbki, z których spora część (chyba 30, a więc ponad połowa) jest oznaczona jako pochodzące z Polski.

Dla porównania jeden z większych głębszych subkladów "względnie najpospolitszego" młodego kladu w Polsce - R-YP254 - R-YP610 ma obecnie 29 próbek, w tym także sporo z Polski (jest datowany na 1650 lat przez YFull, ale myślę, że może być nawet o kilka stuleci starszy). W przypadku YP314 nawet jego największy subklad - R-YP331 - ma obecnie więcej próbek na YFull (42) niż R-YP610. R-YP610 jest też datowane na ok. 1600 lat przez YFull (jak "ojcowskie" YP314), mimo tego, że w linii YP331 są 2 SNP-y poniżej wspólnego przodka dla YP314. YP314 jest subkladem YP315, który ma 2 SNP-y poniżej MRCA z inną, niewielką gałęzią R-YP315 (mającą próbki z Polski). Ale od MRCA dla R-S18681 do MRCA R-YP315 jest aż 7 SNP-ów na drzewie YFull, co sugeruje, że TMRCA YP315 powinien być o kilkaset lat mniejszy niż TMRCA całego S18681. Największy z subkladów R-Y2905 - największej na drzewie YFull gałęzi R-YP254 (należącej do "zachodniosłowiańskiego" R-L260 i będącego pod M458), R-BY25698, ma "zaledwie" 24 próbki przy TMRCA także datowanym na 1650 lat (jak R-YP610) przez YFull (który, podobnie jak w przypadku R-YP610, może być nawet o kilka stuleci wyższy).

Dzisiaj (2021-10-26) na drzewie YFull "na żywo" pojawiło się sporo zmian (nowych SNP-ów) w gałęziach R-Z280 i R-M458. Na jednej z podlinii poniżej YP254 naliczyłem się aż 35 SNP-ów, pewna młodsza linia (pod Y2905>YP1364>Y87380, R-Y282293, ma bottleneck liczący aż 27 SNP-ów, dziś na poziomie Y87380 dodano 1 SNP "na żywo", nie ma go na klasycznym widoku). Między MRCA L260 a MRCA YP254 jest 6 SNP-ów, w tym 5 na poziomie L260>YP256. Razem pod L260 na drzewie YFull "na żywo" można się doliczyć (dla R-Y282293) 41 SNP-ów poniżej L260. Na dodatek na czeskim czy czesko-słowackim "Haplostromie" linie R-Y2905 i R-YP5297 dzielą pod Y254 nieuwzględniony na drzewie YFull SNP FT5104, po uwzględnieniu tego SNP-u maksymalna liczba SNP-ów pod YP254 wzrosłaby o 1 do 36 (poniżej MRCA), a pod L260 - do 42 SNP-ów poniżej MRCA. Nie można wykluczyć, że R-YP254 ma TMRCA o kilka stuleci wyższy, niż podawane przez YFull 2100 lat. Podobnie jest z "dynarskim" I2-Y3120, które w jednej z podgałęzi ma 36 SNP-ów na drzewie YFull (przypuszczam, że Y3120 może mieć w rzeczywistości TMRCA nawet ok. 2800 lat).

Ciekawe jest zatem pochodzenie linii R-YP314. Serbołużyczanie w badaniu Rębały z 2012 r. mieli aż 44 próbki M458 z DYS439=10 (co sugeruje R-YP256 czy nawet R-YP254, chociaż DYS439>10 NIE WYKLUCZA na 100% YP254)) na 123 przetestowane próbki Y-DNA (co daje aż 35,8% samego R-M458 z DYS439=10 (zwykle niespotykane w przypadku subkladów innej dużej gałęzi R-M458, R-CTS11962 (przodka popularnej haqplogrupy R-L1029 i mniejszej gałęzi R-YP515) czy także w przypadku innej sporej gałęzi pod L260 - YP1337).

Link do wpisu na molgen.org o badaniu K. Rębały z 2012 r.. Ciekawy fragment tego tekstu dotyczący łużyckiego R1a z tego badania (z wyróżnieniami):
QUOTE
Zawartośc M458 w R1a to 87,5% (70 na 80, z czego min. 44 to L260), innego R1a jest tam 10 os. z czego typowałbym że 5 lub 6 os. to 5.M1 czyli typ-I, 1 jeśli to nie jest również typ-I, to mogłoby by to być to R1a-L1280 (5.M6 czyli typ-Ib) jeden ma szanse być R1a-P278.2, ewentualnie kimś z grupy 5.Q (typ-F), dwie to być może typ-J (5.J1), może jest też tam np. Z92 (ale na pewno nie białorusko-ukraińsko-rosyjski typ-E, "6.B" - ale to związane z Bałtykiem - takowego kandydata jak i przede wszystkim L365 tam nie ma)

"5.M1, czyli typ-I" to chyba dawne określenie na (mniej więcej) obecną gałąź R-S18681, do której należy R-YP314!

Czyli tylko 5 próbek R1a z badania Rębały (na aż 80!) może być R1axM458xS18681! Połowę (będącego w znacznej mniejszości do R1a M458+) R1a bez M458 w próbie Serbołużyczan mogła stanowić "jakoś szczególniej związana z Polską" gałąź R1a-S18681!

Ci Serbołużyczanie z badania Rębały wyglądają na "typowo lechickie" plemię pod względem Y-DNA, nawet "bardziej polskie niż dzisiejsi Polacy", i to mimo tego, że ich język utracił samogłoski nosowe, tak jak np. czeski czy rosyjski. Na dodatek ta próbka miała być z południa Łużyc, z obszaru górnołużyckiego znajdującego się bliżej Czech niż Dolne Łużyce.

Ten post był edytowany przez poloh: 26/10/2021, 13:38
 
User is offline  PMMini Profile Post #917

     
poloh
 

III ranga
***
Grupa: Użytkownik
Postów: 296
Nr użytkownika: 91.203

 
 
post 16/09/2022, 11:48 Quote Post

Zrobiłem sobie test WGS Dante Labs i sprawdzałem w "DNA Explorer" z wynikami tego testu mutacje w Y-DNA na podstawie witryny genetichomeland.com (są tam podane lokalizacje mutacji na hg19, który to hg19 jest w wynikach w "DNA Explorer").

Wyszło, że nie jestem "genetycznym Słowianinem"... Kilkanaście mutacji z poziomu od R1b-M343 do R1b-P312 było pozytywnych, ale uwaga: mutacja L52 była negatywna! R-L52 jest pomiędzy poziomami R-L51 i R-PF6538 (poniżej którego jest R-L151).

Na dodatek nie znalazłem ani jednego SNP-a poniżej poziomu P312! U152, DF27, Z290 (przodek R-L21), DF19, L238, DF99 były negatywne, podobnie jak kilka innych SNP-ów definiujących niewielkie inne gałęzie tuż poniżej R-P312 na drzewie YFull.

Mogę się zastanawiać, czy te wyniki są wiarygodne... Ten brak L52 jest dziwny, brak jakiejkolwiek ważniejszej mutacji poniżej P312 też jest dziwny. Czyżby SNP "odwrotny" do L52 był w moim przypadku SNP-em prywatnym gdzieś poniżej poziomu P312? Czy w "kręgosłupie" od "korzenia" haplogrupy R1b do poziomu P312 zaszła mutacja zwrotna "odwracająca" mutację L52?

Mogę się zastanawiać, czy jeżeli naprawdę mam haplogrupę R-P312, na dodatek jej bardzo rzadki subklad, to czy nie jest to linia obecna na ziemiach Polski od kilku tysięcy lat, od czasów kultury pucharów dzwonowatych, kultury unietyckiej (która obejmowała m.in. zachodnią część Polski, a nie wschodnią, a moja linia (przynajmniej w paru ostatnich pokoleniach) wywodzi się ze wschodniej połowy obszaru Polski), kultury trzcinieckiej (ponoć bałtosłowiańskiej, chociaż czytałem o przecieku mówiącym, że znaleziono w niej m.in. R-U152, a R-U152 to także subklad poniżej R-P312), kultury łużyckiej, kultury przeworskiej (ponoć będącej domeną haplogrup chromosomu Y takich, jak właśnie R-P312 (i (np.(?)) E)).

Kiedyś czytałem, że kultura pucharów dzwonowatych miała wystąpić aż na terenie Podlasia (a więc wyraźnie na wschodzie Polski, i to w dodatku w północnej jej połowie), przykładowy artykuł na ten temat: Archeolodzy: kultura pucharów dzwonowatych była obecna w Podlaskiem

Ten post był edytowany przez poloh: 16/09/2022, 12:01
 
User is offline  PMMini Profile Post #918

     
poloh
 

III ranga
***
Grupa: Użytkownik
Postów: 296
Nr użytkownika: 91.203

 
 
post 16/09/2022, 16:51 Quote Post

Napiszę nowego posta, powinno się dzięki temu lepiej czytać wątek, bo mam sporo nowego tekstu.

Co do mojej próbki: sprawdziłem SNP L2, który jest tuż poniżej poziomu U152, i wynik był pozytywny (T zamiast C, pozycja 5755550 w hg19). U152 to na pozycji 15333149 w hg19 T zamiast C, a u mnie jest C!

Czy mogła być aż dwa razy na poziomie od poziomu L52 do poziomu L2 mutacja zwrotna na SNP-ach definiujących tę gałąź R1b (na drzewie YFull w tym "rejonie" jest tylko 14 SNP-ów? I akurat dwa różne spośród tych czternastu u jednej osoby miałyby mutacje zwrotną?Wydaje się to bardzo mało prawdopodobne. Na chromosomie Y jest aż 59,373,566 lokacji w hg19 w DNA Explorerze Dante Labs...

L2 ma aż około 35 potomków na stronie Genetic Homeland, może się nie chcieć sprawdzać aż tylu mutacji...

Z49- (G zamiast T).

Z68- (C zamiast T).

Z258+ (SNP bezpośrednio poniżej poziomu R-L2 na drzewie YFull).

Z367+ (SNP na drzewie YFull bezpośrednio poniżej poziomu R-L2).

Z34- (SNP poniżej poziomu Z258&Z367, jest T zamiast C u mnie, więc nie ma mutacji Z34).

L20+ (SNP poniżej poziomu Z258&Z367, jest A zamiast G).

Z1908+ (SNP na tym samym poziomie, co L20) - jest C zamiast T.

https://www.yfull.com/tree/R-L20/ - na tym poziomie jest poza L20 i Z1908 jeszcze jeden SNP na drzewie YFull (Z2533/Z1921/PF129(H)), ale gdy sprawdzałem nazwy Z2533 i Z1921 w Genetic Holemland, to Z2533 było w haplogrupie O, a Z1921 było w haplogrupie J, na dodatek Z2533 różniło się od Z1921.

5056411 w hg19 - PF129 aka Z2533 ma G zamiast A, a u mnie było A...

https://www.genetichomeland.com/dna-marker/...omosome-Y/Z1921 - fragment opisu: "Located on centronomic region. downstream L147.1. Aka R-L20" - G zamiast C w 13473408 w hg19 oznacza mutację Z1921, u mnie jest C, więc nie ma tej mutacji.

Między poziomem R-P312 a poziomem R-U152 na witrynie genetichomeland.com są dwa SNP-y: starszy Z46516 (mający T zamiast C, były podane dwie "provisional positions" dla tego SNP-a: 12393262 i 12394577, gdy poszukałem mniejszej z tych wartości w DNA Explorerze, okazało się, że "nic tam nie było" (w tej części chromosomu Y) i młodszy ZZ11_1, który był u mnie negatywny (było C zamiast G na pozycji 22286799 w hg19) - oznacza to już trzeci SNP negatywny pomiędzy poziomami L52 i L2!

CTS9733+ (C ("derived") zamiast T ("ancestral") na pozycji 19045124 w hg19). Może mogę już dać sobie spokój z szukaniem niższych mutacji w DNA Explorerze i czekać na analizę YFull... Może wyjdzie R1a? smile.gif Jeżeli naprawdę będzie to R-L2, to jak wytłumaczyć negatywne wyniki na L52, ZZ11_1 i U152? Czy po prostu miałem jakby niesamowitego farta, że akurat mutacje powrotne dla tych trzech snipów zaszły w mojej próbce? A może coś z danymi z Dante Labs jest nie tak(?)

R-CTS9733 na drzewie YFull ma TMRCA 3700 ybp i 58 próbek, w tym ani jednej oznaczonej jako z Polski.

Sprawdziłem sobie SNP Z283 z drzewa R1a i wynik był negatywny.
Wynik dla Z645 też negatywny. M417 sprawdzałem wczoraj i wynik był negatywny.
M198 - też wynik negatywny.
Dla M735 wynik także negatywny.
Dla M459 (nie mylić z M458!) wynik był także negatywny.

To chyba na dobre nie jest R1a...

Ten post był edytowany przez poloh: 16/09/2022, 17:21
 
User is offline  PMMini Profile Post #919

     
poloh
 

III ranga
***
Grupa: Użytkownik
Postów: 296
Nr użytkownika: 91.203

 
 
post 17/09/2022, 0:09 Quote Post

W moim przypadku P312 jest dodatnie, CTS12684 będące na poziomie P312 na drzewie YFull również. Najniższy SNP, jaki był dodatni w moim przypadku, to CTS9733 z poziomu poniżej R-L20 (sprawdzałem 11 SNP-ów będących poniżej R-CTS9733 na witrynie Genetic Homeland i wszystkie 11 SNP-ów dało wynik ujemny).

Przebadałem ze dwadzieścia parę (niekiedy "losowych") SNP-ów od MRCA R1b i R1a do R1b-CTS9733 i tylko ok. 75% było pozytywnych, było z sześć negatywnych odczytów w DNA Explorerze dla tego zakresu. Cztery SNP-y z poziomu R1a-M420 (najbardziej "archaicznego") były negatywne (i pozostałe definiujące gałęzie prowadzące do R-Z282 też były ujemne).

Ze 20 odczytów dla SNP-ów spod R1b (do poziomu CTS9733) było pozytywnych, czy to przesądza o tym, że mam haplogrupę R1b? SNP-y definiujące gałęzie powyżej R1b w większości były dodatnie, aż do Y-Adama (ale M173 definiujący R1 był ujemny, podobnie jeden ze wcześniejszych SNP-ów (P337)). Czy to normalne, że w hg19 otrzymanego po teście WGS Dante Labs około 25% SNP-ów z "kręgosłupa" haplogrupy jest negatywna (w moim wypadku byłoby tak od Y-Adama do R-CTS9733).
 
User is offline  PMMini Profile Post #920

     
sirdaniel
 

IV ranga
****
Grupa: Użytkownik
Postów: 479
Nr użytkownika: 105.790

Zawód: Kontestator
 
 
post 18/09/2022, 5:06 Quote Post

Cześć,
W chromosomie Y nie ma cofania się mutacji. Ale powstają różne randomowe w różnych miejscach.

Więc takie sprawdzanie "na ślepo" nie jest najlepsze, lepiej wrzucić to do Yfull lub innego podobnego portalu.

Albo ściągnij plik BAM i użyj WGSExtract, on w miarę podaje również haplogrupę tę taką najbliższą. Możesz przy okazji zmienić tez na HG38 jak masz dużo miejsca na dysku.

I raczej wstrzymał bym się z ustalaniem swojego pochodzenia na tym etapie...

Ten post był edytowany przez sirdaniel: 18/09/2022, 7:32
 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #921

     
sirdaniel
 

IV ranga
****
Grupa: Użytkownik
Postów: 479
Nr użytkownika: 105.790

Zawód: Kontestator
 
 
post 18/09/2022, 8:26 Quote Post

Nie wiem czy dobrze to sprawdzałeś. Ja w swoim drzewie do Adama (setki SNP)nie mam negatywnych odczytów, jedynie No calle ale to tylko BIGY a nie WGS.

Generalnie nie powinno być negatywów, tylko może wystąpić błąd np jak jest tylko jeden odczyt, np błedny. Ale z drugiej strony, R to stara haplogrupa, takie np R-P297 potrafi zawierać kilkadziesiąt mutacji na jednym poziomie. Więc na przestrzeni lat różnie mogło się stać. Człowiek nie jest przyporządkowywany na podstawie jednej mutacji, tylko do jakiej linii należy. Czasem jednak brak mutacji lub dodatkowe mutacje mogą podzielić drzewo na gałęzie.


Jeśli faktycznie masz mutację R-CTS9733 to poszukaj ludzi z FTDNA. Tam siedzi sobie na tej własnie mutacji jeden Polak i pozostałych czterech jest poniżej. Możliwe, że jest rzadka haplogrupa, ale w Polsce znajdziesz krewnego.

Ten post był edytowany przez sirdaniel: 18/09/2022, 8:34
 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #922

     
poloh
 

III ranga
***
Grupa: Użytkownik
Postów: 296
Nr użytkownika: 91.203

 
 
post 18/09/2022, 14:08 Quote Post

Dziękuję za odpowiedź na moje posty. Ciekawe, czy u innych korzystających z narzędzia DNA Explorer dla testu WGS Dante Labs w celu sprawdzania SNP-ów chromosomu Y też wychodzi tak dużo negatywnych mutacji, które powinny być obecne na poziomach od Y-Adama do najmłodszej mutacji w "kręgosłupie (np. do R-Y2905 w przypadku R1a).

Próbowałem ściągnąć plik BAM z Raw Data Library dla mojego testu na stronie Dante Labs, ściągałem przez ponad 12 godzin i bardzo duży plik (mający około 37,1 GB) nie ściągnął się cały, zapomniałem o niezamknięciu laptopa i pobieranie się przerwało, nie zostało ukończone i BAM się nie pobrał sad.gif Pewnie zdecydowana większość danych w BAM-ie dotyczy innych chromosomów niż Y, a mnie interesował tylko chromosom Y i haplogrupa Y-DNA (jeżeli to jest możliwe, to na podstawie danych z testu WGS Dante Labs chciałbym też poznać haplogrupę mtDNA). Nigdy nie obrabiałem plików takich jak BAM i nie korzystałem z narzędzi takich jak WGSExtract.

Sprawdziłem ponad 20 wybranych SNP-ów z innych gałęzi R1b niż R-L20 i nie otrzymałem żadnego wyniku pozytywnego:

Z33-, Z35-, BY68505-, Y64285-, BY34110-, Y89388-, FGC15166.2-, Y129892-, BY87288-.

A10127-, A2150-, CTS1922.1-, FGC429-, Z2265-. Wszystkie 5 SNP-ów bezpośrednio poniżej poziomu R-U106 na witrynie genetichomeland.com negatywnych (U106-, oczywiście).

S1194-, CTS4528-, A8039-; A8053-, FGC37100-, BY148526-.

Pięć wybranych SNP-ów z poziomu R-M343: PF6270+ (poniżej wartości C wyświetlają się w pionowym rzędzie liczne, czerwone litery "T", T to ancestralna wartość dla tej pozycji), M415+ (to samo zjawisko, ale z innym nukleotydem), PF6256- (ten SNP, według YFull, jest na poziomie R1b-M343 (nie jest wymieniony wśród trzech widocznych od razu w rzędzie SNP-ów na poziomie R1b ("pierwotnym" poziomie R1b))), L278+, PF6268+ (jeden z pięciu sprawdzonych SNP-ów z poziomu R-M343 okazał się negatywny, czyli 20% było negatywne).

Ten post był edytowany przez poloh: 18/09/2022, 14:53
 
User is offline  PMMini Profile Post #923

     
sirdaniel
 

IV ranga
****
Grupa: Użytkownik
Postów: 479
Nr użytkownika: 105.790

Zawód: Kontestator
 
 
post 18/09/2022, 15:09 Quote Post

Cześć,
Serio, tracisz czas na ręczne sprawdzanie SNP, a ten plik już by ci się ściągnął w tym czasie. Ściągnij ten BAM i tyle, wyjścia innego nie ma. Sprawdzisz szybko Y i mtDNA. Trzeba tylko skonfigurować WGSextract i to jest jedyna trudność o ile nie znasz angielskiego. Choć nawet jak ściągniesz starszą wersję Beta v2 to tam jest wszystko w całości więc nawet konfigurowanie odpada z installerami jak w nowszych wersjach.

Ten post był edytowany przez sirdaniel: 18/09/2022, 15:16
 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #924

     
poloh
 

III ranga
***
Grupa: Użytkownik
Postów: 296
Nr użytkownika: 91.203

 
 
post 18/09/2022, 19:12 Quote Post

Plik BAM (BAI) był kilka tysięcy razy mniejszy niż plik oznaczony jako samo "BAM" (kilka megabajtów zamiast kilkudziesięciu gigabajtów), więc bam.bai szybko się ściągnął. Skąd wziąć WGSextract? Nie znam się na programach do obróbki danych (w tym dotyczących DNA) sad.gif

Gdzie w wynikach testu WGS Dante Labs można znaleźć mtDNA (Y-DNA można było łatwo znaleźć i wyszukiwać pojedyncze mutacje)?

Ten post był edytowany przez poloh: 18/09/2022, 19:33
 
User is offline  PMMini Profile Post #925

     
sirdaniel
 

IV ranga
****
Grupa: Użytkownik
Postów: 479
Nr użytkownika: 105.790

Zawód: Kontestator
 
 
post 18/09/2022, 19:58 Quote Post

Tak więc bam.bai już masz. Teraz ściągnij sam Bam - kilkadziesiąt Gigabajtów.

Z tego pliku wyciągniesz również mtdna. Nie mam testu Dante labs wiec nie wiem jak używać tego explorera.

Co do wgsextract to ściągnij tę wersję https://drive.google.com/file/d/1F_vclX1FPi...HzJUl6dwcJ/view
Wypakuj i reszta będzie już w miarę prosta.





 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #926

     
poloh
 

III ranga
***
Grupa: Użytkownik
Postów: 296
Nr użytkownika: 91.203

 
 
post 18/09/2022, 20:57 Quote Post

Ściągnąłem chyba już WGSextract, ale pewnie jakąś nowszą wersję (znalazłem stronę https://wgsextract.github.io/), WGSExtractv4. Kilkudziesięciogigabajtowy BAM mi się znowu STRASZNIE wolno ściąga, a niestety jeżeli zamknie się klapę laptopa, to z całego ściągania owego BAM-u "nici" (raz się już o tym przekonałem) sad.gif

"Aktualizacja" (był pewien ciekawy wynik):

Pod R-BY3584 (TMRCA 531 CE): S26186+(!) (uwaga na opis: Found in haplogroup R1b with L20 under U152 on FTDNA tree. hg38 Ref does not match ancestral allele value. BAM inspection confirms C as ancestral allele. Has been reported as faux marker in many other haplogroups such as R1a[hmm...], Q, and O due to human reference sequence), w dodatku wynik mi się wyświetla z serią małych, niebieskich liter "C" pod zieloną literą "A" w panelu głównym).

FTA58492- (jedyny SNP poniżej poziomu S26186 na witrynie www.genetichomeland.com). Na dodatek BY3584- (a w opisie BY3584 jest tekst: Found in haplogroup R1b under U152 and L20 on FTDNA tree. hg38 Ref does not match ancestral allele value. This lineage is likely one of the three samples used to compose the hg19 and hg38 human reference sequences).

https://discover.familytreedna.com/y-dna/R-S26186/story - chyba jednak naprawdę moi patrylinearni przodkowie sprzed kilku wieków mogli pochodzić z Wysp Brytyjskich... 3 wyniki: jeden z Anglii, jeden ze Szkocji, jeden z niezbadanym pochodzeniem.
 
User is offline  PMMini Profile Post #927

     
Aratta-z-Badachszanu
 

Nowicjusz
Grupa: Użytkownik
Postów: 1
Nr użytkownika: 108.902

 
 
post 16/10/2022, 11:08 Quote Post

The genetic history of the Southern Arc - badanie z udzalem Amerykanow
[...]
Wezlem macierzystym R-Z93 jest R-Z645, ktory obejmuje 4 probki R-Z93 oraz 5 innych, w tym probke z poznej epoki brazu z Sabatinovka w Moldawii (I10438; 1700-1300 pne) i jedna z Merichleri w Bulgarii (I2163; 1866-1615 calBCE)(3), ale takze starozytna probka z Armenii (I17308; 394-208 calBCE). Najwczesniejsze wystapienie tego kladu dotyczy probki kultury ceramiki sznurowej z Niemiec (RISE434.SG; 2880-2629 calBCE)(4). Jestesmy agnostykami, czy ten klad powstal na stepie i rozprzestrzenil sie w Europie Srodkowej z przodkami stepowymi obecnymi w kulturze ceramiki sznurowej, czy tez pochodzi z innego zrodla. Ale jasne jest, ze stala sie widoczna w populacjach stepowych w srodkowej i poznej epoce brazu (jak w Sintasztacie), z ktorej mozna bylo uzyskac probki LBA z poludniowo-wschodniej Europy, chociaz oczywiscie probki z Niemiec oraz 16 probek epoki brazu nalezace do tego kladu z Estonii (456, 457) umozliwilyby rowniez pochodzenie polnocnoeuropejskie (bez posrednika stepowego).
Po angielsku
The parent node of R-Z93 is R-Z645 which include..........s the 4 R-Z93 samples as well as 5 more, including a Late Bronze Age sample from Sabatinovka in Moldova (I10438; 1700- 1300BCE) and one from Merichleri in Bulgaria (I2163; 1866-1615 calBCE)(3), but also an ancient sample from Armenia (I17308; 394-208 calBCE). The earliest occurrence of this clade is in a Corded Ware sample from Germany (RISE434.SG; 2880-2629 calBCE)(4). We are agnostic whether this clade originated in the steppe and spread into central Europe with the steppe ancestry present in the Corded Ware, or derived from another source. But, it is clear that it became prominent in steppe populations in the Middle-to-Late Bronze Age (as in Sintashta) from which the LBA samples from southeastern Europe could be derived, although obviously the sample from Germany as well as 16 Bronze Age samples belonging to this clade from Estonia(456, 457) would make a northern European origin (without a steppe intermediary) possible as well.
[...]


Jesli europejski osobnik kopalny R1b-L51 (jak w stepowcu z kultury jamowej Kalmykii) mogl dotrzec do jaskini Darra-i-Kur, Afganistan, gdzie Badachszan to jedne z hipotetycznych miejsc lokalizacji sumeryjskiej kolebki Aratty, to inspiratorzy Slowian osobnicy R1a z Majkopskiej strefy kulturowej (wedlug Wolfganga Haaka) (Steppe Maykop z syberyjskim udzialem) tym bardziej mogly to zrobic.

Ten post był edytowany przez Aratta-z-Badachszanu: 16/10/2022, 12:05
 
User is offline  PMMini Profile Post #928

     
Indoeuropejczyk All inc!
 

Nowicjusz
Grupa: Użytkownik
Postów: 1
Nr użytkownika: 108.903

 
 
post 17/10/2022, 8:52 Quote Post

Znany na Zachodzie zespol chinskich uczonych sprawdzil zenska linie mtDNA, ktora laczy Indo-Europejczykow Europy, Ugrofinow i wystepuje tez m.in. w Iranie, Pakistanie, Chinach i kopalnym DNA Syberii. Czas najbardziej niedawnego ostatniego przodka tej linii mtDNA zbiega sie z wyliczonym przez uczonych zachodnich czasem rozpadu tzw. hipotetycznej indo-uralskiej rodziny jezykowej na indoeuropejska branze i uralska branze. Ci chinscy uczeni doszli do wniosku, ze przodkowie tej zenskiej linii mtDNA w paleolicie najpierw trafili do Iranu wraz z branzami R1a i R1b, potem rozpowszechnili sie do Europy, a z Europy ich czesc poszla do Syberii. Na przelomie neolitu i mezolitu syberyjska czesc tej populacji z ta linia zenska mtDNA i yDNA R1a czesciowo poszla do Dalekiego Wschodu, a czesciowo czesc tej populacji z ta linia zenska mtDNA i yDNA R1a przesiedlila sie do Iranu i Polwyspu Anatolijskiego, oraz czesc tej populacji zostala zasymilowana przez Proto-Indo-Europejczykow (co wedlug metody chinskich uczonych jest ewidentne zarowno w mtDNA kultury pucharow dzwonowatych, jak i w mtDNA kultury ceramiki sznurowej) lacznie z Proto-Hetytami Anatolii (spokrewionych do takich, jak w tym wspominanym badaniu Davida Reicha), a niezasymilowana przez PIE czesc tej populacji z ta linia zenska mtDNA i yDNA R1a, ktora przesiedlila sie blizej tej armenskiej kolebki PIE Davida Reicha, zostala przodkami Ugrofinow, ktorzy znacznie pozniej w epoce brazu ulegli wplywu populacji braterskiej do branzy podstawowej dla Samojedow yDNA N-P43 z Dalekiego Wschodu (wtorne zblizenie Samojedow i Ugrofinow jest rowniez wspierane przez szereg zachodnich uczonych, podczas gdy przemieszczenie czesci ludow z Europy do Dalekiego Wschodu po przez Syberie w paleolicie wyjasnia paleolityczne zbieznosci). Opinia chinskich uczonych o kontaktach uralsko-hetyckich zostala zauwazona przez uczonych innych panstw jako nienacjonalistyczne rozwiazanie ciezkiej kwestii przynaleznosci waznych haplogrup.

Ten post był edytowany przez Indoeuropejczyk All inc!: 17/10/2022, 10:54
 
User is offline  PMMini Profile Post #929

62 Strony « < 60 61 62 
2 Użytkowników czyta ten temat (2 Gości i 0 Anonimowych użytkowników)
0 Zarejestrowanych:


Topic Options
Reply to this topicStart new topic

 

 
Copyright © 2003 - 2023 Historycy.org
historycy@historycy.org, tel: 12 346-54-06

Kolokacja serwera, łącza internetowe:
Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej