Osobno trzeba tu wspomnieć o bardzo skomplikowanym problemie tzw. teologii wyzwolenia i ekumenizmu. Odnośnie do teologii wyzwolenia Kardynał wydał dwie instrukcje: O niektórych aspektach teologii wyzwolenia (Libertatis nuntius – 1984) i Instrukcję o chrześcijańskiej wolności (Libertatis conscientia – 1986). W dokumentach tych kard. Ratzinger wystąpił przeciw metodologicznemu zabiegowi mieszania chrześcijańskich i marksistowskich elementów samozrozumienia człowieka i analizy społeczeństwa. W wyniku tego pomieszania w teologii wyzwolenia gloryfikowano w imię Ewangelii tak bardzo przecież nieewangeliczną ideę walki klas i także nieewangelijną walkę o pokój, zapominając, że Ewangelia nie tyle wzywa do walki o pokój, ile wzywa do stałego i konsekwentnego czynienia pokoju, nazywając ludzi za to właśnie "błogosławionymi". Warto nadmienić, że wspomniane wyżej instrukcje Kongregacji Nauki Wiary spotkały się w tamtym czasie z ostrą krytyką. Kardynałowi Prefektowi zarzucano, że tymi dwiema instrukcjami zniweczył całą teologię wyzwolenia i zamknął katolikom Ameryki Łacińskiej kościelną drogę do wyrwania się z nędzy i z niewoli masońskiej timokracji. O słuszności krytycznej oceny ówczesnego fenomenu teologii wyzwolenia wielu przekonało się dopiero po słynnej "jesieni ludów" 1989 r. w Europie środkowowschodniej.