Witaj GOŚCIU ( Zaloguj się | Rejestracja )
 
2 Strony  1 2 > 
Reply to this topicStart new topicStart Poll

> Obłaczkowo Kultura Ceramiki Sznurowej Poz81, haplogrupa R1a-YP314*
     
Domen
 

IX ranga
*********
Grupa: Użytkownik
Postów: 8.495
Nr użytkownika: 14.456

 
 
post 27/01/2020, 19:39 Quote Post

Czy ktoś może potwierdzić wynik jaki otrzymałem dla poz81?:
(lub zaprzeczyć i podać prawidłowy wynik jeżeli jest on inny)

R1a-M417>Z645>Z283>Z282>Z280>CTS1211>Y35>CTS3402>Y33>CTS8816>Y3301>YP311>S18681>YP315>YP314:

https://www.yfull.com/tree/R-YP314/

Sample_name Hg Hg_marker Total_reads Valid_markers QC-score QC-1 QC-2 QC-3
poz81 R1a1a1b1a2b3a3a1b1a1 R-YP314*(xYP331,YP1409) 16571293 34995 0.853 0.986 1.0 0.865

Chodzi o prehistoryczną próbkę DNA z Obłaczkowa pod Poznaniem, poz81 (opublikowana pod koniec 2019 roku):

https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1.../rspb.2019.1528

user posted image

Jeśli potwierdzi się to YP314, to mamy współcześnie często występującą w Polsce linię męską pod Poznaniem w epoce brązu.

Zresztą wystarczy jeśli potwierdzi się R1a-S18681 (datowanie przez YFull tutaj bardziej odpowiada wiekowi próbki poz81):

https://www.yfull.com/tree/R-S18681/

user posted image

Ten post był edytowany przez Domen: 27/01/2020, 20:06

Załączony/e plik/i
Dodany plik  y_haplogroup.txt ( 163bajtów ) Liczba pobrań: 25
 
User is offline  PMMini Profile Post #1

     
Domen
 

IX ranga
*********
Grupa: Użytkownik
Postów: 8.495
Nr użytkownika: 14.456

 
 
post 27/01/2020, 20:04 Quote Post

Z tego co widzę, dyskusja na temat R1a-S18681 toczyła się tutaj:

http://www.historycy.org/historia/index.php/t42083-3800.html
 
User is offline  PMMini Profile Post #2

     
Domen
 

IX ranga
*********
Grupa: Użytkownik
Postów: 8.495
Nr użytkownika: 14.456

 
 
post 27/01/2020, 20:04 Quote Post

Link do plików BAM i FASTQ, to bardzo dobrej jakości próbka:

https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERS3568112

Ten post był edytowany przez Domen: 27/01/2020, 20:07
 
User is offline  PMMini Profile Post #3

     
mlukas
 

VII ranga
*******
Grupa: Użytkownik
Postów: 1.958
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
 
 
post 27/01/2020, 20:09 Quote Post

W jakim to programie (BAK?)
 
User is offline  PMMini Profile Post #4

     
Domen
 

IX ranga
*********
Grupa: Użytkownik
Postów: 8.495
Nr użytkownika: 14.456

 
 
post 27/01/2020, 20:11 Quote Post

Ulepszona wersja BAK.

Trochę mam wątpliwości czy ten odczyt jest poprawny bo subklad YP314 jest wg. YFull dużo młodszy niż ta próbka wg. publikacji.

No ale mówi się, że YFull zaniża wiek subkladów R1a podobno (niedoszacowują).

=====

Sprawdzę WGS Extract.

Ten post był edytowany przez Domen: 27/01/2020, 20:29
 
User is offline  PMMini Profile Post #5

     
mlukas
 

VII ranga
*******
Grupa: Użytkownik
Postów: 1.958
Nr użytkownika: 99.991

Stopień akademicki: mgr
 
 
post 27/01/2020, 20:32 Quote Post

Michał niech to zobaczy.
 
User is offline  PMMini Profile Post #6

     
ambron
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 877
Nr użytkownika: 99.857

Stopień akademicki: BANITA
 
 
post 27/01/2020, 20:43 Quote Post

Może wyślę to Arzie z Eurogenes, bo on jest dobry w oznaczaniu kladów...
 
User is offline  PMMini Profile Post #7

     
ambron
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 877
Nr użytkownika: 99.857

Stopień akademicki: BANITA
 
 
post 28/01/2020, 8:51 Quote Post

Dałem już cynk Arzie; zobaczymy, co odpowie...

Chyba najwięcej o S18681, nazywanym połabskim, można dowiedzieć się ze strony dra Stanaszka, poświęconej nadwiślańskiemu Urzeczu:

https://urzecze.pl/yp1363/

Sprawa o tyle mi bliska, że na Urzeczu osiadł bodaj w XVII w. ród Ambroziaków, pochodzący wcześniej z Warki, trudniący się spławem wyrobów wareckich browarników do Warszawy.
 
User is offline  PMMini Profile Post #8

     
Michał..
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 834
Nr użytkownika: 100.557

Zawód: biolog, genetyk
 
 
post 28/01/2020, 12:12 Quote Post

QUOTE(Domen @ 27/01/2020, 19:39)
Czy ktoś może potwierdzić wynik jaki otrzymałem dla poz81?:
(lub zaprzeczyć i podać prawidłowy wynik jeżeli jest on inny)
R1a-M417>Z645>Z283>Z282>Z280>CTS1211>Y35>CTS3402>Y33>CTS8816>Y3301>YP311>S18681>YP315>YP314:
*



Jest praktycznie niemożliwe, żeby tak wcześnie datowana próbka (2880-2730 BC) była R1a-S18681>>YP314, a szanse, że mutacja S18681 jest aż tak stara, są też bardzo małe.

Już jakiś czas temu pojawiła się informacja, że ta próbka (poz81) jest R1a-M417>CTS4385*. Tak wynika między innymi z analizy Vladimira Tagankina, któremu bardzo ufam w tym względzie. Oto wyniki analizy Vladimira, które dostałem od Artura Martyki:

R-CTS4385: Z2463/CTS4385/M9837/S2847+ Z2461/S2846+ Z2464/S2848+
R-FGC9988: FGC10009- FGC72572/Y133356x FGC10017- FGC10014x Y36358/FGC72571- YP6478- YP6477/FGC72573- FGC9997- FGC72574/Y36768- FGC10019- FGC10015- FGC10012- FGC10011- FGC10010- FGC10006- FGC10005- FGC10003- FGC10002- FGC10000- FGC9999- FGC9998- FGC9994- FGC9992- FGC9991- FGC9990- FGC9986- YP1268x YP1267- YP1264- YP1263- YP1262-
R-FGC9989: FGC9993- FGC10001- FGC10007-
R-Y95533: Y95533/FGC72569-
R-L664: Z2465/CTS12154- YP708/FGC19034- Z2459- Y2894- L664/S298/CTS7083- Z2460/S3469x
R-YP5527: YP5527- YP5528- YP5529- YP5530- YP5532- YP5533- YP5535- YP5536-
R-YP6497: YP6497- YP6498- YP6499- Y37298-
R-S3479: Z2034/CTS10927- FGC69447- S3467- CTS7381-
R-S3485: BY30508/FGC21100-
R-S3477: Y4997- Z2036/S4428- CTS4932/S3483- CTS8197/S3490- YP229- YP228/FGC21099- YP233/FGC21098- Y2893- YP230/S3477- YP232/S3484-
R-Z2035: Z2035- CTS11873/S3497- CTS11947/S3498- YP678- YP680-
R-S3473: CTS7514/S3487- S3499- YP679- YP681- YP4478/PH3128-
R-YP547: YP547- YP545-
R-YP543: YP543- Y4395- Y4393- YP551- YP568-
R-YP4468: YP4468-
R-YP4467: YP4467-
R-YP544: YP544-
R-YP550: YP550-
R-YP541: YP541- YP548- YP549- YP552-
R-YP1131: YP1131-
R-YP1129: YP1132- YP1133-
R-S2857: S2861- S2862- S2869- S2856- S2863-
R-YP943: YP5320- Y32228- YP949- YP948- YP945- YP944-
R-YP5317: YP5317- YP5319-
R-S2858: Y5753/FGC19036- S2858-
R-S2859: S2855- S2859- S2866- S2875-
R-YP621: YP621-
R-YP358: FGC19057- YP369/FGC19055- Y3760/FGC19056- FGC19054/Y5106- YP358/FGC19039-
R-FGC19040: FGC19040-
R-YP360: YP356- YP357- YP359- YP363- YP366- YP367- YP370- Y3661- Y5104- Y5105- Y5294- Y8496-
R-YP362: YP362- YP365-
R-Y71028: Y71028-
R-YP430: YP430-
R-YP5504: YP5504-
R-Y23256: Y23255- Y23256-
R-YP5006: YP5006-
R-S2894: YP286- S2881-
R-S2880: S2880x FT20688-
R-S2886: S2892- S2887- Y24733-
R-S2889: S2897- S2889- S2895-
R-YP4246: YP4247/PH2014-
R-YP5624: YP5627- YP5624x
R-YP5623: YP5626-
R-Y66726: BY84270- Y66726- Y71470-
R-YP431: YP433- YP434- YP436- YP437- YP438- YP440- YP6210-
R-YP4445: YP4445- YP4447-
R-YP4444: YP4446-
R-YP6211: YP6211- YP6212-
R-YP5515: YP5519- YP5515- YP5516- YP5518- YP5517-
R-YP6479: YP6483- YP6486- YP6485- YP6479- YP6480- Y36860- YP6487-
R-YP6488: YP6488-
R-YP6489: YP6492- YP6490-
R-YP285: FGC41404- Y4133- YP686- Y18502/FGC41412- YP285- YP287- YP291- FGC41419-
R-YP5599: BY30075- YP5599- Y163198- YP5601- YP5603- YP5604- YP5606- YP5607- YP5609- YP5610- Y65133/BY29731- BY29797-
R-YP282: YP1222/FGC34058- Y4134/FGC34060- Y4132/FGC34052- YP293- YP290- YP282- YP283-
R-YP5460: YP5460-
R-YP5455: CTS5768- YP5455- YP5457-
R-YP442: YP442-
R-YP4101: YP4101- YP4103-
R-YP4102: YP4102- YP5464- Y162024-
R-YP5461: YP5461- YP5462- YP5463- YP5465-
R-YP6286: Y27214- YP6305- BY21368/A14326- Y34262- Y34263- YP6286- YP6287- YP6288- YP6289-
R-BY30530: Y62290/BY30530- Y63941/BY30532- Y64191/BY30533- Y68396/BY30535- Y163698- Y70655/BY30536- Y71835/BY30537- Y73009/BY30538- Y78911/BY30541-
R-YP4535: YP4535/FGC34056- YP4536/FGC34059- YP4537/FGC34062-
R-Y81602: Y81602- Y88484- BY34234- BY35614-
R-Y85196: Y94932- Y96749- BY123943-
R-YP4519: YP4519- YP4520- YP4527- YP4528-
R-YP5287: YP5288- YP5289-
R-YP4515: YP4515-
R-YP6042: YP6042- YP6043-
R-YP5084: Y21463- YP5084- YP5083-
R-Y38820: BY148732- Y42659- Y38820- MF2187-
R-Y34265: Y34271- Y34265- Y34270- Y34268- Y34266-
R-YP1214: YP1214- YP1224-
R-YP1210: YP1211- YP1212- YP1216- YP1217- YP1218- YP1219- YP1225-
R-YP6501: BY25522/YP6501- BY62687- BY73964- BY75084+ BY91287- BY102580- BY106731- BY106847- BY207593/Y163701- BY207716/Y162907- BY138245- BY157012-
R-Y61291: Y72146- Y65534- Y65082- Y73018- Y75190/BY30528- Y70310/BY30527- Y61291- Y77009- Y64118-
R-YP4123: YP4123- YP4127- YP4125- YP4128- YP4129- Y16017- Y16065-

Przypomnę, że wyniki STR dla R1a znalezionego w Eulau (kultura ceramiki sznurowej) sugerowały, że jest to R1a-M417>CTS4385>FGC9988 albo jakaś blisko spokrewniona linia, a więc krewny (albo nawet "potomek") tego sznurowca z Obłaczkowa.

Ten post był edytowany przez Michał..: 29/01/2020, 12:11
 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #9

     
Domen
 

IX ranga
*********
Grupa: Użytkownik
Postów: 8.495
Nr użytkownika: 14.456

 
 
post 28/01/2020, 13:53 Quote Post

Dzięki Michale! Ale jesteś pewien, że to ta sama próbka?

Bo informacja o R1a-CTS4385* odnosiła się do próbki RISE1 (którą wcześniej naukowcy mylnie określili jako R1b). Poz81 oraz RISE1 to ten sam osobnik?

Pliki BAM i FASTQ dla RISE1 można pobrać tutaj:

https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERS699065

Ten post był edytowany przez Domen: 28/01/2020, 13:55
 
User is offline  PMMini Profile Post #10

     
Michał..
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 834
Nr użytkownika: 100.557

Zawód: biolog, genetyk
 
 
post 28/01/2020, 13:59 Quote Post

QUOTE(Domen @ 28/01/2020, 13:53)
Dzięki Michale! Ale jesteś pewien, że to ta sama próbka?
*


Na wszelki wypadek napisałem jeszcze do Vladimira, pytając się go o ten właśnie plik BAM. Jak odpowie, to dam znać.
 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #11

     
ambron
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 877
Nr użytkownika: 99.857

Stopień akademicki: BANITA
 
 
post 28/01/2020, 20:34 Quote Post

Domen, wygląda na to, że Michał ma rację, bo Arza odpisał mi tak:

"To nawet nie jest Z645. Wynik z BAKu to przypadkowa mutacja. Jedno jest ciekawe w tej próbce - ona ma tak dobre pokrycie, że tych przypadkowych mutacji na różnych poziomach wyłapanych jest tyle, że gdyby wybrać kilkanaście-kilkadziesiąt SNiPów, można by udowodnić chyba niemal każdą haplogrupę".

No chyba, że zaszła faktycznie pomyłka co do samej próbki.
 
User is offline  PMMini Profile Post #12

     
ambron
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 877
Nr użytkownika: 99.857

Stopień akademicki: BANITA
 
 
post 29/01/2020, 8:47 Quote Post

Jeszcze Arza o Obłaczkowie, tym razem na Eurogenes:

It looks like CWC poz81 (reported as R-M417):

Another male, poz81, from a CWC context, also belonged within a sub-lineage of R1a,
namely R-M417 (xZ645) (table S5). We cannot exclude that he belonged a bit further down
in this lineage as there was no data for CTS4385 and S3485, but we can exclude R-S3485.
We can also exclude him belonging within the sister lineage R-Z645.

is in fact R-CTS4385(xL664, xFGC9988) (derived S2848, S2846, CTS4385, ancestral CTS7083, ancestral 23 FGC9988-level SNPs according to Yleaf/published BAM).

poz81 was dated to 2880–2630 calBCE (2755 BCE on average) and Yfull estimates the TMRCA of R-CTS4385 to be 4600 ybp, so 2650 BCE.

In other words there is a pretty high chance that R-L664 is from Polish CWC.
 
User is offline  PMMini Profile Post #13

     
ambron
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 877
Nr użytkownika: 99.857

Stopień akademicki: BANITA
 
 
post 29/01/2020, 9:38 Quote Post

Michał, a jaka jest szansa, że polskie i czeskie klady L664 to artefakty po lokalnej CWC? Czy to raczej efekt remigracji?
 
User is offline  PMMini Profile Post #14

     
Michał..
 

VI ranga
******
Grupa: Użytkownik
Postów: 834
Nr użytkownika: 100.557

Zawód: biolog, genetyk
 
 
post 29/01/2020, 16:30 Quote Post

QUOTE(ambron @ 29/01/2020, 9:38)
Michał, a jaka jest szansa, że polskie i czeskie klady L664 to artefakty po lokalnej CWC? Czy to raczej efekt remigracji?
*



Nie wiem co masz na myśli pisząc o polskich i czeskich kladach L664. Tak właściwie to nie znaleziono dotąd żadnego etnicznego Polaka należącego do L664 (albo raczej nie znaleziono żadnego przedstawiciela kladu L664, którego genealogiczna linia męska wywodziłaby się od polskich przodków). W całej Europie Środkowej klad L664 spotykany jest bardzo rzadko (sporadycznie) i jak na razie są to głównie linie niemające żadnych bliskich słowiańskich krewniaków, za to mające często krewniaków wśród Niemców lub dalej na zachodzie lub północy Europy.

W tej chwili wiem o pięciu liniach kladu L664, których przodkowie (przynajmniej niektórzy) mieszkali na terenie dzisiejszej Polski. Jedna z tych linii należy do dyskutowanego już na tym forum przez Domena przedstawiciela rodziny Korfantych (mieszkającego w USA). Jeśli jest to krewny słynnego Wojciecha Korfantego, to na ogół przyjmuje się, że ród ten wywodził się od mieszkańca północnej części Włoch (Wenecji?), który przybył w XVII wieku do Siemianowic na Górnym Śląsku. Niestety nie wiemy, czy przebadany Korfanty to rzeczywiście krewny Wojciecha Korfantego, ale zastanawiające jest, że jego wynik Y-DNA nie wskazuje ani na polskie ani na włoskie korzenie. Na podstawie samych wyników STR (bo wyników SNP brak), można z dużym prawdopodobieństwem przypuszczać, że ów Korfanty należy do subkladu YP282, zdecydowanie największego spośród wszystkich młodych subkladów L664. Subklad ten wywodzi się od najbliższego wspólnego przodku żyjącego zaledwie ok. 2000 lat temu, ale obejmuje ogromną większość wszystkich brytyjskich i irlandzkich przedstawicieli L664, choć jest też spotykany w Szwecji, a bardzo rzadko także w Niemczech, Holandii, Belgii, Francji, Norwegii i Europie Środkowej. Rzadkie linie i subklady blisko spokrewnione z YP282 znaleziono dotychczas tylko w Holandii, Szwecji, Norwegii i na Łotwie. Osobiście podejrzewam, że wcześni przedstawiciele tego kladu przybyli do Brytanii z Jutlandii i/lub Fryzji w okresie inwazji anglosaskiej, choć na razie trudno wykluczyć związek z późniejszymi migracjami Wikingów. Do „brytyjskiego” subkladu YP282 należy też jeden z zaledwie dwóch znanych czeskich przedstawicieli kladu L664 - nazwisko jego najdalszego znanego przodka brzmi Sassmann.

Drugi „polski” przedstawiciel kladu L664 jest Amerykaninem o łemkowskich korzeniach (nazwisko najdalszego przodka: Parilak). Należy do znacznie rzadszego niż YP282 (choć równie młodego) subkladu YP358, znalezionego dotąd w Holandii, Niemczech, Francji, Szwecji, Finlandii i na wyspach brytyjskich. Razem z pewnym Niemcem (o typowo germańskim nazwisku) ów Łemko tworzy nieco młodszy subklad BY126405 poniżej YP358.

Pozostali „polscy” przedstawiciele kladu L664, to osoby wywodzące się od trzech niemieckich rodzin mieszkających na Pomorzu Zachodnim. Te trzy niemieckie linie tworzą bardzo młody zachodniopomorski subklad YP1129, wywodzący się od najbliższego wspólnego przodka żyjącego ok. 600 lat temu i obejmujący linie wywodzące się od Augusta Beltza z miejscowości Kaleń (Kahlen) koło Kamienia Pomorskiego, od Fredericka Beckera z Kołobrzegu (Kolberg) i od Wilhelma Deque z dzisiejszych Lulewic w powiacie białogardzkim (Lüllfitz, Kreis Belgard). Ten zachodniopomorski subklad YP1129 jest częścią starszego (ale też stosunkowo młodego) subkladu YP942 (znanego także jako M2747), o wieku TMRCA ok. 1750 lat (YFull), który znaleziony został na razie tylko w Holandii (2 linie), Niemczech, Francji, Danii, Norwegii, Estonii (nazwisko przodka: Oberschneider), Polsce (wspomniany subklad YP1129 z Zachodniego Pomorza) i w Czechach. Ten czeski przypadek to drugi (po wspomnianym wcześniej Sassmanie) i jak na razie ostatni znany przedstawiciel kladu L664 związany z Czechami - nazwisko najdalszego przodka brzmi w tym przypadku Erazim.

Z powyższego wynika, że współczesne linie L664 trafiały do Polski głównie z zachodu (czy też z północnego zachodu) i to raczej stosunkowo niedawno. Wydaje się, że choć początkowa wędrówka „sznurowego” CTS4385 (być może wraz z wczesnymi liniami L664) z Europy Wschodniej do Zachodniej odbywała się niemal na pewno przez terytorium dzisiejszej Polski, to albo była to tylko przejściowa obecność, albo linie te praktycznie nie przetrwały w Polsce do naszej ery (czy też do czasu nadejścia wczesnych Słowian), a podobny los spotkał zapewne i inne rzadkie dzisiaj linie R1a z takich kladów/paragrup jak CTS4385(xL664), S24902, Z283(xZ282), Z282(xY17491,PF6155,Z280,Y2395) czy Y2395(xZ284).

Ten post był edytowany przez Michał..: 29/01/2020, 16:35
 
User is offline  PMMini ProfileEmail Poster Post #15

2 Strony  1 2 > 
1 Użytkowników czyta ten temat (1 Gości i 0 Anonimowych użytkowników)
0 Zarejestrowanych:


Topic Options
Reply to this topicStart new topic

 

 
Copyright © 2003 - 2019 Historycy.org
historycy@historycy.org, tel: 12 346-54-06

Kolokacja serwera, łącza internetowe:
Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej