Gdy na Genewę spadła epidemia dżumy (1544–1545), jak wszędzie zaczęły się poszukiwania winnych nieszczęścia. Kalwin akceptował pogląd, że zarazę mogli celowo wywołać „słudzy Szatana”. Nie protestował, gdy z powodu tortur zmarł mężczyzna oskarżony o odcięcie ręki wisielcowi i dotykanie nią drzwi domów, by sprowadzić chorobę. Reformator wzywał do demaskowania czarownic. Za jego rządów w ok. 15-tysięcznym mieście spalono 31 osób, głównie kobiet. Stosy płonęły wtedy w całej Europie (z równą zawziętością stawiali je katolicy i luteranie), ale pod względem liczby ofiar w stosunku do ludności Genewa znalazła się w czołówce. Kilka lat później Kalwin kolejny raz pokazał, że jeśli chodzi o bezwzględność i dogmatyzm nie ustępuje katolickim inkwizytorom. Główną postacią dramatu był człowiek o podobnych doświadczeniach życiowych – pochodzący z Hiszpanii lekarz i myśliciel Miguel Servet. Zgadzał się on z większością tez Kalwina, ale posunął się dalej w reformatorskich zapędach. Uznał m.in. za zbędne dogmaty o Trójcy Świętej i dwoistej naturze Chrystusa. Korespondował z Kalwinem, prosząc o komentarz do swoich dociekań. Skrytykowany, bronił się i wskazywał na niedociągnięcia w pracach mistrza, urażając ambicję Francuza. Obaj czuli się odkrywcami jedynej Prawdy, więc wymiana poglądów zmieniła się w wymianę epitetów. Servet wzywał, by Kalwin przestał przedstawiać „jedynego Boga jako cerbera o trzech głowach”. „Sam jesteś jak wściekły pies, który gryzie i szczeka bez dania racji” – odpowiadał Jan.

Zwykle mówi się o Kalwinie w kontekście religijnym, ale ponieważ człowiek ten przez wiele lat sprawował również władzę świecka w Genewie

to chciałem porozmawiać o nim jako o polityku.

Z tego co ja wiem to był on pozbawionym litości despotą: