Zginął 26 sierpnia 1672 w wybuchu prochu w Baszcie Czarnej w Zamku Górnym w Kamieńcu Podolskim bezpośrednio po jej kapitulacji przed oblegającymi ją Turkami. Okoliczności wybuchu nie są jasne, nastąpił on przypadkowo (według wersji Cypriana Tomaszewicza) lub też spowodowany był przez oficera artylerii fortecznej Hejkinga (wersja Stanisława Makowieckiego), który podpalił 200 beczek prochu i spowodował zniszczenie Zamku Górnego, zabijając przy tym 500 do 800 ludzi, głównie komputowych Kozaków. Wołodyjowski został ugodzony przez kartacz w głowę i zginął na miejscu

Do dzisiaj niejasne są pobudki jego czynu. Współcześni tłumaczyli jego postępowanie poczuciem honoru i rozpaczą po kapitulacji. Biskup kamieniecki Wespazjan Lanckoroński sądził, że Hejking chciał w ten sposób zatrzeć ślady malwersacji w powierzonej mu zbrojowni. Nie można jednak wykluczyć, że wybuch spowodowała nieostrożność pijanych żołnierzy (była to jednak oficjalna wersja podana Turkom dla uśpienia ich podejrzliwości co do celowego złamania warunków kapitulacji). Nie jest też wykluczone przypadkowe zaprószenie prochu (według Cypriana Tomaszewicza).

Był też dowódca kozacki Iwan Bohun (nie Jurko).

A co do Jerzego Wołodyjowskiego, to warto wiedzieć, że rzeczywiście był on żonaty z Jeziorkowską, ale nie Basią, lecz Krystyną. Tylko ta Basia miała w 1672 około 40 lat i była wdową po 3 mężach...